文昌魚與魚類具有許多共同特徵，如脊索、神經索、鰓裂、肛門後尾部、肝門脈系統、內柱(與甲狀腺同源)等，但不具有魚類之脊椎骨、軟骨或其他骨骼構造，亦無明顯之頭部，所以不是魚類，文昌魚分類上屬於脊索動物門之頭索動物亞門，魚類則屬於脊椎動物亞門。

臺灣地區文昌魚科共有 4 種

科名 科中文名 學名 中文名 命名者 標本照
Branchiostomatidae 文昌魚科  Branchiostoma belcheri 白氏鰓口文昌魚 Gray, 1847
Branchiostomatidae 文昌魚科 Epigonichthys cultellus 短刀側殖文昌魚 Peters, 1877
Branchiostomatidae 文昌魚科 Epigonichthys lucayanus 魯卡側殖文昌魚 (Andrews, 1893)
Branchiostomatidae 文昌魚科  Epigonichthys maldivensis 馬爾地夫側殖文昌魚 (Cooper,1903)

　

1 　

學名： Branchiostoma belcheri
命名者： Gray, 1847
中文名： 白氏鰓口文昌魚
科中文名： 文昌魚科
科名： Branchiostomatidae
形態特徵： 活體呈白色半透明，兩端尖，體側扁，具貫穿頭尾之脊索。口幾乎位於中線上，圍鰓腔封閉，身體兩側皆有鰓裂及生殖腺，腹褶對稱且沿腹側直達圍鰓腔孔後，不與腹鰭相連。平均體長約25mm（6.5-44），背鰭基室數約307（274-374），腹鰭基室數約59（47-92），肌節數共65（63-66），分別為圍鰓腔孔前37（35-38）＋圍鰓腔孔與肛門間17（16-18）＋肛門後11（9-12），生殖腺數最高可達27，最小成熟個體長23.5mm。　
棲所生態： 棲息於溫暖淺海域的底砂中，僅露出前端以濾食。　
地理分布： 廣泛分布於東亞海域，從日本南部沿著中國海岸線，經台灣、菲律賓群島、東印度群島、印度、新加坡、泰國、香港，往南往東到澳洲北部，以及位於西印度海的馬達加斯加、非洲東南部。本省東北角、金門、馬祖海域。　
漁業利用： 僅於大陸具食用價值，可炒蛋或炒肉食用，但目前已被中國大陸列為二級保育類動物。　
2 　

學名： Epigonichthys cultellus
命名者： Peters, 1877
中文名： 短刀側殖文昌魚　
科中文名： 文昌魚科　
科名： Branchiostomatidae
形態特徵： 活體呈白色半透明，兩端尖，體側扁，具貫穿頭尾之脊索。口幾乎位於中線上，圍鰓腔封閉，生殖腺僅於身體右側發育，右側腹褶能與腹鰭相連直達肛門，而左側只達圍鰓腔孔後。平均體長約15mm（11.5-22），背鰭基室數約215（190-240），腹鰭基室數為18（18），尾鈍無突出。　
棲所生態： 棲息於溫暖淺海域的底砂中，僅露出前端以濾食。　
地理分布： 從索羅門群島、昆世蘭島往北、往西經過印尼、菲律賓、澳洲西部、泰國、斯里蘭卡，到坦薩尼亞。臺灣堆。　
漁業利用： 無　
3 　

學名： Epigonichthys lucayanus
命名者： (Andrews, 1893)
中文名： 魯卡側殖文昌魚
科中文名： 文昌魚科　
科名： Branchiostomatidae
形態特徵： 活體呈白色半透明，兩端尖，體側扁，具貫穿頭尾之脊索。口幾乎位於中線上，圍鰓腔封閉，生殖腺僅於身體右側發育，右側腹褶能與腹鰭相連直達肛門，而左側只達圍鰓腔孔後。平均體長為11mm（5.5-20），背鰭基室數約195（156-228），無腹鰭基室，肌節數共63（58-66），分別為圍鰓腔孔前44（40-51）＋圍鰓腔孔與肛門間9（7-11）＋肛門後10（6-13），生殖腺數最高可達33，最小成熟個體長8mm。細長之尾突為其主要之辨認特徵，背鰭鰭褶相當低，尤其在身體前段，腹鰭鰭褶則相當高。 　
棲所生態： 棲息於溫暖淺海域的底砂中，僅露出前端以濾食。　
地理分布： 廣泛分布於熱帶海洋中，如百慕達、佛羅里達、巴哈馬、馬爾地夫、菲律賓、新幾內亞東南方、日本、馬達加斯加島。本省東北角、南部及蘭嶼珊瑚礁海域。　
漁業利用： 無　
4 　

學名： Epigonichthys maldivensis
命名者： (Cooper,1903)
中文名： 馬爾地夫側殖文昌魚
科中文名： 文昌魚科　
科名： Branchiostomatidae
形態特徵： 活體呈白色半透明，兩端尖，體側扁，具貫穿頭尾之脊索。口幾乎位於中線上，圍鰓腔封閉，生殖腺僅於身體右側發育，右側腹褶能與腹鰭相連直達肛門，而左側只能到達圍鰓腔孔後。平均體長為10mm（8-14），背鰭基室數為309（300-317），腹鰭基室數為39（35-43），肌節數共68（63-69），分別為圍鰓腔孔前41（40-42）＋圍鰓腔孔與肛門間15（14-15）＋肛門後12（9-13），生殖腺數最高可達22，尾鰭鈍並無特別突出。背鰭基室相當高，尤其於身體前端。　
棲所生態： 棲息於溫暖淺海域的底砂中，僅露出前端以濾食。　
地理分布： 廣泛分布於太平洋及印度洋中，從夏威夷、New Caledonia、日本到馬爾地夫，及馬達加斯加、坦薩尼亞等。本省東北角、南部及蘭嶼珊瑚礁海域。　
漁業利用： 無