前言
　魚類自從五億年前（寒武紀）在地球上開始出現以來，歷經多次大滅絕後迄今仍有超過57目、482科與28,500種活存在地球上，此數目已逾地球現生脊椎動物（含魚、兩生、爬蟲、烏類、哺乳類）總數50,000種的一半以上，且目前每年平均仍有約150種新種的魚類被發現。魚類除了它們在種數上的高歧異度外，它們在基因、形態、生態、生理、與行為等等各方面亦非常多樣化。譬如在棲所方面，魚類幾乎已可適應生活在全球各地的水域，從極地-2℃的海洋，到熱帶沙漠44℃的水域；從5,200公尺高山溫泉，或3,812公尺的高山溪流，到海岸潮池、淺灘，萬餘公尺的深海、乃至缺氧的沼澤、暗無天日的洞穴均有分佈，真可說是無所不在。魚類不但是水生生態系中最重要的成員，提供研究生物演化的絕佳素材，也和我們人類的生活和經濟活動息息相關。但是這些原本豐富的魚類資源卻因為過去漁業的過度開發，河川及沿海環境的嚴重污染而在全球各地，包括台灣在內，其種數及數量均在銳減之中，保育魚類生物多樣性之工作實已刻不容緩。

令人稱奇的魚類演化
　「魚」的簡單定義應該是：「變溫、以鰓呼吸、具鰭及鱗的水生動物」。但是有些魚如鮪或鼠鯊卻為適應在大洋中長距離洄游的需要而可以在體內保持恆溫；肺魚、鯰魚、攀鱸、雀鱔、彈塗魚則可以週期性地利用”肺”或其它呼吸輔助器官，來離水生活；許多鰻形魚類的鰭和鱗片均已退化不顯等等。魚的體型大小及形狀更是變化多端不一而足，小從需要由顯微鏡觀察體長8mm已成熟的細鰕虎魚，大到逾20m的鯨鯊或15m的象鯊等等，令人嘆為觀止。它們對魚類學的研究者而言，仍有許多神奇奧妙的地方，值得深入探究，舉例而言： 在所有魚類中，無頜魚（八目鰻、盲鰻）有85種，軟骨魚（鯊、魟、銀鮫）佔850種，硬骨魚則超過27,000種。若以棲地來分，41%在淡水，58%在海水，1%則是兩向洄游。從生物地理分佈來看，熱帶之印度西太平洋和紅海是海洋環境中魚類多樣性最高者，而在東南亞、南美洲及非洲則有最多的淡水魚種。

台灣原本豐富的魚類多樣性
　台灣面積雖小，佔全球陸地面積的比例大約只佔了全球的萬分之三不到，但台灣海洋生物的種類之多，卻可高達全球物種的十分之一。譬如台灣魚類總數現已累計達2600種以上。此外，在台灣所發現世界新種的數目亦名列前矛。如蝶魚及棘蝶魚兩科之總種數即居全球之冠，故台灣在陸地上不僅是「蝴蝶王國」，在海裏也稱的上是「蝶魚王國」。根據國外之資料，台灣及琉球也是全球珊瑚礁魚類的熱點地區（hot spot），亦即特有種數最高的區域。造成台灣魚類生物多樣性高的主要原因，除了台灣學者努力的研究成果外，還包括： 　像台灣這樣只有394公里長的島嶼卻擁有各種不同的海洋生態系，且同時擁有亞熱帶及熱帶兩種不同的海底景觀與生物種類的確難能可貴，這也提供了學者從事系統分類、地理分布、生態保育、資源利用等等最好的研究地點和材料。
　但是台灣累積的物種多並非表示台灣的資源還很豐富，相反的，其中有將近一半到2/3的物種均已從過去的數量豐富、常見，變成今天的偶見、稀有，甚至絕跡。也就是說過去每次潛水可以看到的魚種，現在可能五年十年都看不到一尾。這也難怪台灣的魚種總數雖比起帛琉、馬爾地夫、大堡礁等潛水勝地要來得多的多，但大家仍然願意捨近求遠跑到國外去潛水的原因。這其中代表的意義是：台灣原本的魚類甚為豐富，但卻被我們在這短短的卅、四十年裏，重經濟輕環保、重陸域輕海洋，肆意地掠奪及到處污染和破壞下給逐漸葬送掉了。生物的消失除了較大的明星物種會受人注意外，其實更多小型、隱秘的物種，甚至於尚未被人發現和命名之前即已消聲匿跡。威爾森估計目前地球正面臨有史以來第六次的大滅絕，也是惟一一次純粹由於人為因素所造成的大滅絕，其速率約每小時3種，每天74種，一年27000種，如此下去，50年後地球上可能1/3的物種要絕滅。許多物種的消失已在不知不覺中發生，譬如以台灣為模式產地所命名的魚種（很可能是特有種），迄今應不下有150-200種，但絕大多數都已甚久未再被人發現，很可能它們早已滅絕，如淡水河口的「台灣下鱵」標本採自1906-1969年只在國外三大博物館有典藏，但直到1989年才被國外學者發表為新種。但目前此種魚早已不見踪影，料想是這三十年來由於淡水河口的汙染把這種全球只有台灣才有的物種消滅掉了。

魚類如何被消滅
　魚類的瀕危或滅絕由於欠缺研究資料，真實情況如何，尚不十分明瞭，在IUCN的名單中，海水魚很難出現，一方面是因其地理分佈範圍廣，較易由鄰近之其他族群所補充，即「後族群」（metapopulation），二來是因調查監測困難，很難証明它已瀕臨滅絕，同時也有將近半數的海水魚種是天生稀有，即原本數量即少，很難去區辨是人為或自然的原因。也難怪只有像腔棘魚那樣分佈窄的魚種IUCN才有把握將它列入保育種。另一種列名第I類保育類海水魚是加州犬型黃花魚，它是加州灣的特有種，體型可達2m，重逾100公斤，需要在河口繁殖，仰賴乾淨的淡水入流，但卻受到過漁及誤捕，以致瀕臨滅絕，體型明顯變小，所以才會被列入。
在本世紀之末時，我們不幸見證到了全球各地，由於地區性或全球性的環境變遷導致了魚類生物多樣性的衰減。主要原因不外乎棲地破壞、污染、過度和非法捕撈及誤捕等。

（一） 過漁及誤捕
目前全球的漁獲量平均每年約不到一億噸，而漁獲能力卻在兩億噸以上，在競相捕撈、違規作業的情況下，全球漁業產量自1980年代起即每況愈下，其結果是：(1)生態系營養階層減少，海洋食物網減少，大型掠食者大量減少，亦對生態系之平衡及多樣性維護或是不利的。台灣的問題更是嚴重，根據最近所作的潮間帶及電廠衝擊魚類的調查已顯示大型經濟價值高的種類及數量已大量消失，特別是肉食性魚種，增加的是三鰭鳚或鰕虎等體型甚小的魚類。 (1) 魚體的小型化，包括捕撈尚未達成熟體長的小魚，或是魚類本身為了求種族延續，而很快演化出早熟早產體型小的族群較優勢等；(2) 大型魚種的數量愈來愈少，如黑鮪、鯨鯊、象鯊、旗魚、翻車魚、石斑等一些成熟率較晚、生育力低的種類。最近政府為了要推動觀光提振漁村經濟，非常積極地在舉辦黑鮪魚季（祭），曼波魚（翻車魚）季，飛魚季等等促銷活動，但卻不去思考資源是否已不敷供應。如黑鮪魚目前之產量已是15年前的1/5，鯨鯊的數量也在逐年遞減，這些大型魚類終將和史德拉海牛一樣瀕臨滅絕。史德拉海牛，是史上最大的素食 (吃海藻) 的動物，漁民只花了26年 (1741-1767年) 就把它消滅了。此外如音響集魚，利用石首魚集結產卵會發聲的習性把石首魚的親魚一網打盡；大力推動富麗漁村及假日漁市，鼓勵消費；或是推動淺海箱網養殖，但餵飼餌料如仍來自於大海捕撈的下雜魚為原料等等，這些只知「開源」不知「節流」的政策是否永續值得深思。此外「混獲」及「棄獲」的嚴重「誤捕」問題，也是造成今日許多魚種已是「商業性滅絕」的原因。亦即捕撈時，上網了許多非漁獲對象的魚種或小型未成熟的魚類常被作為下雜魚處理或直接拋棄，譬如台灣過多的底拖漁船，密集地在沿近海拖網作業，浪費了至少1/4-1/3的資源。誤捕最早受到關切乃是因鯨豚、海狗、海牛、海龜、海鳥等保育類動物。其實誤捕在許多漁具漁法都普遍存在，包括底拖網、流刺網、圍網等等。台灣的魩鱙漁業在每年3-7月亦會混獲不少其他重要經濟性魚類之仔稚魚，如狗母、笛鯛、石鱸、鯛、龍占、金線魚、石首魚、帶魚、石斑等等。此外更多體型小，數量少，經濟價值較低，大多連種名都還分不清楚的水產生物，遭到誤捕和破壞的問題更為嚴重。
非法毒、電、炸魚，違法底拖，過多及毫無節制及管理的海釣、飼養捕撈自海中的熱帶魚，潛水打魚、幽靈漁業（ghost fishing），以及吃活海鮮、海馬、海龍的中藥，海膽、海參、及稀有的螺、貝類、蝦蟹類、以及捕食珊瑚礁魚種都是在直接間接地破壞海洋生態。根據最近的調查發現，台灣遊客到珊瑚礁海域的觀光大多不是下海「賞魚」，而都是去「吃魚」，每年消耗掉珍貴的珊瑚礁魚類估計不下三十萬公斤。台灣同胞由於喜食海鮮，不但吃的量排名全球第二，而且吃的種類之多之雜令人嘆為觀止，不但大魚吃、仔稚魚和魚卵也都不放過，如烏魚子、飛魚卵、旗魚卵等各種魚卵，如殺雞取卵般地在趕盡殺絕。也因此我們消耗魚類的方式可說是到了無所不吃，無所不釣，無所不養的境界，嚴重破壞海洋生物的多樣性。
（二） 污染
污染的來源不外乎是來自家庭都市廚餘的廢水，或養豬、養雞、養魚(包括淺海養殖在內)等農漁牧業的廢水，造成沿岸海水的優養化，破壞珊瑚礁及沿岸生態之平衡。箱網養殖地點若是在珊瑚礁附近則會對珊瑚礁造成毀損（如紅海及小琉球之例）。而工業廢水中的有毒物質，特別是重金屬、油質或有毒化合物，農藥等亦常隨河水沖入海中，每每造成魚類的大量死亡。特別是在半日潮為主的台灣西海岸，魚類季節性暴斃的新聞是屢有所聞，這主要是因為我們下水道及污水處理的建設非常落後，可說是有比野蠻國家，比起馬來西亞或印尼均遠遠不如。此外，垃圾亂丟或由河川沖入海洋，也使台灣的海岸不但到處可見垃圾，在珊瑚礁也到處充斥，即使再多義工投入淨灘或淨海也清不完。底拖網由淺海到上千公尺的深海，每次拖上來都是垃圾愈來愈多，漁獲愈來愈少，拖上來的垃圾又再被丟回到海中，如此反覆下去，而不思改善，則遲早台灣會變成垃圾堆中的島國。
（三） 棲地破壞
如在砂泥地海底甚至深海大陸棚斜坡的密集底拖網作業，則是有如在陸上砍伐森林一樣，會鏟平消滅許多海底難以計數且多半尚未經過科學家所調查發現過的底棲生物，同時也摧毀了許多經濟性魚苗孵育、庇護、成長的重要微棲地。許多珊瑚礁被違法入侵區的底拖網或流刺網覆蓋後，整片的珊瑚礁即宣告死亡。在海岸或陸地高山上的濫墾濫伐，種植檳榔、高山茶、果樹等等，或是在河床上盜採砂石等，每逢下雨，沙泥或是土石流所夾帶入海的泥砂亦對岩礁附著生物造成衝擊。此外在海岸地帶常有許多大型工業區、淺海養殖池、漁港、道路、新市鎮、垃圾掩埋場、海邊遊憩區等開發案；或在海邊過量且毫無管制的遊憩活動，特別是對珊瑚礁、潮間帶破壞最烈。或是為了防止海岸侵蝕、海潮侵襲、海水入侵所投置的消波塊及興建的海堤，正逐漸將台灣的自然海岸變成了人工海岸，不但剝奪了人民親海的機會，也使「寶」島變成水泥化的「堡」島，魚類更因為喪失了天然潮間帶的棲地環境，這也是牠們繁殖或幼年期成長庇護的重要場所，而使其族群的存活率大大降低。
（四） 外來種的引入
水產養殖、餌種或觀賞魚的不慎外逸，或人為的刻意放生、棄養是最常造成外來種問題的因素。據統計全球已有超過160種魚類已被人為搬運而存活在各地不同水域。如在北美洲，1990年即已有47種舶來種存活下來，單是夏威夷即有33種之多，如其中體型小外來種的四線笛鯛，即驅走了原本當地數種大型笛鯛，成為典型海水魚外來種之例。其它如八目鰻、大口鱸、食人魚、吳郭魚、虹鱒、鱂魚及許多鯉、鯰、鱸科魚種的淡水外來魚種之例，可說多的不勝枚舉。台灣淡水魚的入侵種甚多，如吳郭魚、琵琶鼠、鯱(鱧)、筍殼魚等等。海水外來種方面由於大力發展淺海箱網養殖，故近年來引進不少洄游或海水種魚類，目前已開始在天然棲地陸續發現這些海水外來種，如在淡水河口已採獲多次歐洲鰻，高屏溪的美洲鰻，以及彰濱海岸釣獲不少眼斑石首魚，即俗稱的紅鼓魚，多半是因宗教放生的不良習俗所引起。