• 歷史因素

台灣島很靠近大陸，在很久很久以前，曾發生過很多次冰河時期，海平面下降，使台灣島與大陸連接了起來，河流可以由大陸流到台灣，大陸上的各式各樣淡水魚就延著河流到達台灣，待冰河時期結束，冰溶解後，這些魚就留在台灣獨立演化，產生了許多特有種。台灣多數淡水魚都是來自亞洲大陸。

• 地理因素

台灣中央山脈高聳，河川由山頂流至海中最多不過百餘公里，但是垂直落差卻可達數千公尺，所以在短短的河段中，形成了許多不同的棲所環境，有澗道、瀑布、急瀨、平瀨、淺灘、深潭等，而且河道順山谷間切割，使得河道與河道之間互不相連。根據這些天然環境互相加成造成的適應及隔離的效應，使淡水魚類演化出各自適應型，而產生多樣性。

• 生態因素

有些淡水魚的幼苗可短期存活於海洋，這些魚的幼苗藉著黑潮或親潮，可由呂宋島或中國大陸東海水域到台灣。使台灣有另一系統的海源性淡水魚類，提高了多樣性，特別是鰕虎科的魚類。

(圖片取材自"台灣淡水及河口魚類誌".陳義雄及方力行.1999)