幾乎有水的地方就有魚，各種魚的生活環境都有很大的不同，從南北極海域到約40℃的溫泉，海水、淡水、半淡鹹水，有水流不太活動的靜水區 (如湖沼)，也有活動的河川。

• 河流

純淡水魚受到鹽度的限制，不能任意洄游，因此，不同地區的魚種差異極大，台灣地狹山陡多溪谷，自海拔二千公尺以下始有魚類。

上游：約指1500公尺以上，溪流源頭，水溫約15℃，水湍急，溶氧量高，礦物質少，河床中許多大石頭形成的水塘、石隙等不同棲所，有魚、台灣馬口魚、虎、及鱒類棲息。

曾文溪里佳段

曾文溪達邦段

中游：一般約指海拔200~1500公尺的溪流，此處石頭較小、水量變豐、地形變複雜，有平瀨、急瀨、平潭、深潭、瀑布、澗道、迴水等多種棲息地，除了上游下來避寒的中華爬岩鰍、平鰭鰍類，在800公尺以下魚種更多，如石鯉 (石斑)、北勢溪特產粗首、平頜、高身魚、褐吻虎、香魚、短吻鐮柄魚、台灣石、台灣間爬岩鰍等多種魚類。

　　南澳溪四區

下游：水流已平緩，水面較寬較深，除部份中游魚種外，還有鯉、鯽、高身、革條副鱊、條、泥鰍等，但因嚴重的污染問題，現幾已被大量耐汙性高的外來種，如大肚魚和慈鯛科的吳郭魚、琵琶鼠魚所取代。

曾文溪國聖段