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似魚非魚的文昌魚
  文昌魚與魚類具有許多共同特徵,如脊索、神經索、鰓裂、肛門後尾部、肝門脈系統、內柱(與甲狀腺同源)等,但不具有魚類之脊椎骨、軟骨或其他骨骼構造,亦無明顯之頭部,所以不是魚類,文昌魚分類上屬於脊索動物門之頭索動物亞門,魚類則屬於脊椎動物亞門。
臺灣地區文昌魚科
Branchiostomatidae 有 5 種
1. Branchiostoma belcheri Gray, 1847
白氏鰓口文昌魚
活體呈白色半透明,兩端尖,體側扁,具貫穿頭尾之脊索。口幾乎位於中線上,圍鰓腔封閉,身體兩側皆有鰓裂及生殖腺,腹褶對稱且沿腹側直達圍鰓腔孔後,不與 腹鰭相連。平均體長約48mm(39.3-57.2),背鰭基室數約333(308-354),腹鰭基室數約92(80-103),肌節數共64(63-66), 分別為圍鰓腔孔前37(36-38)+圍鰓腔孔與肛門間18(17-19)+肛門後10(9-11),生殖腺數最高可達30。
棲息於溫暖淺海域的底砂中,僅露出前端以濾食。
廣泛分布於東亞海域,從日本南部沿著中國海岸線,經台灣、菲律賓群島、東印度群島、印度、新加坡、泰國、香港,往南往東到澳洲北部,以及位於西印度海的馬達加斯加、非洲東南部。台灣東北角、金門、馬祖海域。 
僅於大陸具食用價值,可炒蛋或炒肉食用,但目前已被中國大陸列為二級保育類動物。
 
2. Epigonichthys cultellus Peters, 1877
短刀側殖文昌魚
活體呈白色半透明,兩端尖,體側扁,具貫穿頭尾之脊索。口幾乎位於中線上,圍鰓腔封閉,生殖腺僅於身體右側發育,右側腹褶能與腹鰭相連直達肛門,而左側只達圍鰓腔孔後。平均體長約15mm(11.5-22),背鰭基室數約215(190-240),腹鰭基室數為18(18),尾鈍無突出。
棲息於溫暖淺海域的底砂中,僅露出前端以濾食。
從索羅門群島、昆世蘭島往北、往西經過印尼、菲律賓、澳洲西部、泰國、斯里蘭卡,到坦薩尼亞。臺灣堆。
無利用性
 
3. Branchiostoma japonicum (Willey, 1897)
日本文昌魚
活體呈白色半透明,兩端尖,體側扁,具貫穿頭尾之脊索。口幾乎位於中線上,圍鰓腔封閉,身體兩側皆有鰓裂及生殖腺,腹褶對稱且沿腹側直達圍鰓腔孔後,不與 腹鰭相連。平均體長約37mm(29-52.1),背鰭基室數約296(270-327),腹鰭基室數約57(48-64),肌節數共64(62-64), 分別為圍鰓腔孔前37(35-38)+圍鰓腔孔與肛門間17(16-18)+肛門後10(9-11),生殖腺數最高可達28。此種過去被鑑定為Branchiostoma belcheri,直至2006年(Zhang, 2006)才確認為不同種,此二種文昌魚的鑑別可利用在吻鰭、前臀鰭腔室、和尾鰭形態的不同作出區別:B. belcheri吻鰭較為圓鈍,B. japonicum吻鰭則較為尖長;B. belcheri白氏文昌魚臀鰭腔室較小且密、B. japonicum臀鰭前腔室則較大且疏;B. belcheri尾鰭較平緩、B. japonicum尾鰭則較陡峭。
棲息於溫暖淺海域的底砂中,僅露出前端以濾食。
廣泛分布於東亞海域,從日本南部沿著中國海岸線,經台灣、菲律賓群島、東印度群島、印度、新加坡、泰國、香港,往南往東到澳洲北部,以及位於西印度海的馬達加斯加、非洲東南部。台灣東北角、金門、馬祖海域。 
僅於大陸具食用價值,可炒蛋或炒肉食用,但目前已被中國大陸列為二級保育類動物。
 
4. Asymmetron lucayanum Andrews, 1893
魯卡側殖文昌魚
活體呈白色半透明,兩端尖,體側扁,具貫穿頭尾之脊索。口幾乎位於中線上,圍鰓腔封閉,生殖腺僅於身體右側發育,右側腹褶能與腹鰭相連直達肛門,而左側只達圍鰓腔孔後。平均體長為11mm(5.5-20),背鰭基室數約195(156-228),無腹鰭基室,肌節數共63(58-66),分別為圍鰓腔孔前44(40-51)+圍鰓腔孔與肛門間9(7-11)+肛門後10(6-13),生殖腺數最高可達33,最小成熟個體長8mm。細長之尾突為其主要之辨認特徵,背鰭鰭褶相當低,尤其在身體前段,腹鰭鰭褶則相當高。
棲息於溫暖淺海域的底砂中,僅露出前端以濾食。
廣泛分布於熱帶海洋中,如百慕達、佛羅里達、巴哈馬、馬爾地夫、菲律賓、新幾內亞東南方、日本、馬達加斯加島。台灣東北角、南部及蘭嶼珊瑚礁海域。
無利用性
 
5. Epigonichthys maldivensis (Cooper,1903)
馬爾地夫側殖文昌魚
活體呈白色半透明,兩端尖,體側扁,具貫穿頭尾之脊索。口幾乎位於中線上,圍鰓腔封閉,生殖腺僅於身體右側發育,右側腹褶能與腹鰭相連直達肛門,而左側只能到達圍鰓腔孔後。平均體長為10mm(8-14),背鰭基室數為309(300-317),腹鰭基室數為39(35-43),肌節數共68(63-69),分別為圍鰓腔孔前41(40-42)+圍鰓腔孔與肛門間15(14-15)+肛門後12(9-13),生殖腺數最高可達22,尾鰭鈍並無特別突出。背鰭基室相當高,尤其於身體前端。
棲息於溫暖淺海域的底砂中,僅露出前端以濾食。
廣泛分布於太平洋及印度洋中,從夏威夷、New Caledonia、日本到馬爾地夫,及馬達加斯加、坦薩尼亞等。台灣東北角、南部及蘭嶼珊瑚礁海域。
無利用性
 
參考文獻:
林秀瑾。(2001)。台灣及金門、馬祖沿海文昌魚之系統分類及生態研究。國立台灣大學動物學研究所碩士學位論文。89頁。
Zhang, Q.-J., J. Zhong, S.-H. Fang, and Y.-Q. Wang (2006) Branchiostoma japonicum and B. belcheri are Distinct Lancelets (Cephalochordata in Xiamen Waters in China. Zoological Science 23: 573-579.
張家豪、張榮樺、邵廣昭、張崑雄。(2011)。金門海域生態調查研究─文昌魚之資源調查研究與應用。金門國家公園電子報第049期 http://blog.kmnp.gov.tw/?p=3715 。