劃設海洋保護區（MPA）並加強管理早已是海洋保育的國際潮流與共識。2005年CBD的科學技術與工藝諮詢附屬機構（SBSTTAS）曾提議，到2012年全球應將10%的海域納入MPA的目標。因此，不少國家已將其國家目標設定為2015年達15%，2020年達20%。此目標與專家學者們認為全球海域至少應有20~30%被納入MPA之範圍，海洋資源才能永續的目標，雖然仍有一段差距，但應已算是差強人意，可以被接受。
　因此，近年來不少先進國家或太平洋島國乃紛紛劃設大型的MPA，譬如2007年美國劃設了夏威夷島弧海洋國家紀念地（The papahànaumokuàkea Marine National Monument）、2008吉里巴斯政府劃設了鳳凰島保護區（The Phoenix Island Protected Area, PIPA）、2009美國政府再度劃設了當年全球最大的馬里亞納海溝海洋保護區，隨後2010年英國在其印度洋之海外數度查哥斯（Chagos）群島周圍再劃設一個全球最大的MPA，總面積545,000km2（約為台灣的15倍大）。此一紀錄在今年2012年，又再度被庫克群島政府所劃設的2,500,000 km2的MPA給比了下去（圖1）。庫克群島和吉里巴斯這兩個可說領土只有彈丸之地的太平洋海洋島國，卻分別劃設了全球最大面積的MPAs，其目的不只是為了它們所擁有的豐富海洋生物及漁業資源請命，更是為了其國家未來的永續發展而未雨綢繆。更令人振奮的消息莫過於澳洲政府在2004年將其全球著名的澳洲大堡礁，從原本只佔4.5%的核心區亦即完全保護區或禁漁區（Core area）擴大為33%外，今年6月更宣布要將MPA在澳洲大陸周邊海域連成網絡（network）總面積將擴大到310萬km2。
　這些紛紛劃設的大型保護區雖然會使全球MPA的總面積明顯地增加，從原先全球5000多個MPAs，總面積約為1%而增加到了約2%左右，但距離2020年達到20%顯然還有很大的落差。如果依照目前各國所劃設MPA的速度有如牛步的情形來推估，則要達到10%的目標尚則需增加32M km2，需要等到2067年才能達成，如要達到20%的目標則更要等到2083年（圖2）。因此，2010年生物多樣性公約第10次締約方會議（CBD-COP10）的會議上，最後不得不面對現實，將原先到2020年全球MPA之面積達到20%的目標，在「愛知目標」中退縮到10%。
　縱使如此，坦白說，到2020年如真要能達成此目標，其任務仍十分艱鉅，即使達成了，海洋生物多樣性和漁業資源是否就能確保不虞匱乏，而得以永續利用了呢？其實還要面對下列各項挑戰：

一、劃設的地點須涵蓋不同的海洋生態系
　如果把前述幾個國際上所劃設的大型MPA的位置和全球目前過度捕撈，亦即「過漁」（overfishing）最嚴重的海域來比較，則會發現這些大型的MPA其實並非位在過漁及汙染、棲地破壞等人為因子影響最烈的位置，特別是在大陸棚地區的傳統漁場或公海、遠洋的漁區。主要理由之一應是一般傳統的漁區或漁場，要劃設MPA的阻力也愈大，所謂「柿子挑軟的吃」，因此各國政府容易劃設MPA的地方就會在較偏遠的非漁場地區。目前台灣最大的MPA（3,534 km2） 是在東沙海洋國家公園，其所以易於劃設成功，也應是因為這個緣故。此外在各種不同的海洋生態系或棲地中，珊瑚礁生態系因是發展潛水生態旅遊最為適合的地區，可能是會生金雞蛋的金雞母，各國均會優先予以保護。但反觀台灣，除了墾丁及東沙等少數離島有保護外，許多地區珊瑚礁尚未被納入，珊瑚礁魚類也尚未被禁捕及限制。台灣除了台江國家公園已對其轄區內的潟湖的生態系有所管制與保護外，其餘沙泥地、河口、大洋、深海、冷泉、熱泉及深海珊瑚、海底山等各種生態系則尚未劃設，甚至於連初步的調查資料均尚付闕如。

二、將海洋保護區連成網絡才能確保MPA的成功
　將海洋保護區連成網絡是另一項重要工作。主要是因為大多物種之卵及幼 生為漂浮性，且終其一生中會漂流、擴散及洄游、播遷，所歷經之距離及時 間長短不同，也會經歷各種不同的海洋生態系或棲地。當一個MPA內之物 種可能因某種自然或人為的災害而急速滅絕時，仍有可能由來自鄰近MPA 之族群來獲得補充。目前已有包括美、加、貝里斯、巴哈馬在內的三十個國 家已規劃有MPA網絡，或有35個美、澳、南非、墨西哥、菲律賓、英國在 該國的州或省級建設有次國家級（subnational）之MPA網絡。台灣目前雖有各種法令所劃設的七、八十個MPAs，但尚未聯成網絡，故未來還需要朝此 方向來努力。

三、海洋保護區最重要的是要能落實管理
　否則MPA將形同虛設，劃設再多、再高之MPA所占海域的比例亦屬枉然。如漁業署將所有只要有一種法令來限制漁獲的海域，如一種生物、一種漁具或一段期間的「限漁」均認為是MPA，則台灣的MPA知面積比竟高達含水12浬領海面積的46%！這麼高比例的MPA是否均能有效地管理呢？其實大家都知道過去MPA管理之成效不彰，如民眾守法及保育觀念不足、缺乏劃設MPA之誘因及執法之人力物力、執法之公權力不彰等等。如何能徹底檢討改進，才是目前最需要去迫切解決的問題。故未來應寬列經費，充實管理MPA之人力物力，加强MPA之教育宣導，以及推動由社區管理，及由全民來檢舉違法的誘因及機制等等。惟有藉MPA之落實管理，才能重新尋回台灣失落已久的海洋生物多樣性。要如何來有效管理海洋保護區，其實可比照陸域生態保護森林生態的「封山」，以及溪流中淡水魚復育的「封溪護魚」來推動「封海」，或是「限漁」或「休漁」，亦即在漁期、漁法及漁區上給予調節管理，才能成功。至於何處需優先劃設MPA，劃設範圍大小等等則有待於進行海洋生物之普查，了解其種類組成、分布、數量之時空變化，結合GIS建立資料庫等基礎的調查研究。因此目前政府在推動的國土規劃的工作亦必須包括海洋國土在內。保護區劃定後，仍需訂定海域分級及不同目的使用之管理辦法，嚴格執行管理與取締工作才能奏效。今年6月8日國際海洋日，主管MPA的漁業署也適時推出海洋保護區管理的分級制度及標識（logo）（圖3），也算是跨出了要加強MPA管理的第一步。

四、海洋保育同時也需要做好陸地的保育
　海洋保護區要能成功，除了管制人員的進出、非法入侵的撈捕外，不當的生態旅遊活動，包括隨地任意的踐踏、觸碰、採集（或以研究名義）都會造成海洋生物的傷害，特別是潮間帶地區未經管制的親子或戶外教學活動，或是沒有固定潛水路線的水下活動。底拖網、流刺網、網具及釣具更應退出所有珊瑚礁或保護區之外，深海珊瑚以石塊敲擊方式之採捕更應被禁止。除了棲地破壞及過漁外，來自陸地的污染還有各種來自工業、農業及家廢所排放的有機及無機之污水及廢液，容易造成沿岸海域水質優養化、浮游生物過度繁生、能見度變差、海藻繁盛，影響珊瑚之成長，嚴重地區甚至造成躍溫層浮游動物屍體分解耗盡氧氣而形成海洋「死亡區」（dead zone）之現象，讓該層水域之生物悉數因缺氧而死亡。海底及海灘上之垃圾之堆積均係來自陸地尚未回收之垃圾，經颱風、大雨而沖流入海，人們大量使用之塑膠袋流入海洋後，因閃閃發亮而被不少海洋生物誤認為是水母等食物而造成誤食之危害，因此近年來在全球三大洋區所形成的「垃圾渦流區」已引起保育人士的關切。此外，在高山上水土保持不良而被沖刷入海之沉積物，每逢大雨後在沿岸造成的「陰陽海」，亦對珊瑚礁亦是一大威脅。最近桃園觀音藻礁在保護區設未劃設前即因陸源汙染而死亡了一塊面積，可謂殷鑑不遠。郵輪或貨輪擱淺之洩油汙染海岸的事件，縱使是MPA之區域亦難以倖免。
　總之，落實海洋保護區的有效管理工作已迫在眉睫，無法再等待，目前也是拯救海洋生物的黄金時刻或關鍵期，否則將淪入萬刼不復之境。這也是2010年「全球生物多樣性展望第三版」（Biodiversity Outlook-3）中所指，目前全球的生物多樣性之現況已處於「臨界點」或「關鍵點」，必須積極與以挽救及復育。因為海洋生物多樣性仍正在快速消失中，當海裡所剩下的魚群愈少，則要利用MPA來成功復育的速度就愈慢，機會就愈少，等到其族群量已低到「有效族群大小」（effective population size） 以下，或是超過「臨界點」（critical point）時，再用任何保育或復育方法時，包括MPA已屬枉然。