根據科學家這些年來的調查研究又有許多驚人的發現，譬如在溫帶西英吉利海峽某處海底軟泥底2.5平方公里的面積就發現有超過1,000種以上的大型底棲生物；北大西洋深海海底約21平方公尺的範圍即採獲14門，171科798種的物種，其中有460種新種，包括許多棘皮、海綿、海筆、海扇等；以此類推，那麼在深海的生物多樣性也可能會高達百萬種以上。此外在完全不利用光合作用而改以化學合成方式獲得能量的深海熱泉，絕大多數的物種也都是新種及特有種，以及最近在1995年才在龍蝦觸鬚上所發現的一個新的環口動物門的動物。由此可見海洋生物種類之多！

　海洋生物多樣性之重要直到近年來才受到國際學界之重視，這是因為我們對海洋生物的了解大概只有陸地生物的七分之一，而海洋生物遭受人類干擾與破壞之速度卻較陸地有過之而無不及。海洋生物在分類高階層，如林奈分類系統之「門」或「目」方面的歧異要遠甚於陸地。也就是說絕大多數的動物門 (33門) 都存活於海洋中，而且其中有15個門只能存活於海洋中，在陸地和淡水環境都沒有分布，譬如珊瑚 (刺絲胞動物) 和棘皮動物等，相對來看只有1個門的動物，有爪動物它只分佈在陸地上不能生活在海洋。也就是說，我們如在珊瑚礁潛水半小時所可能看到的動物門可能比我們一輩子生活在陸地上所看到的都要多。如果再把植物和原生生物都算入，那麼地球上現生生物的88%的門都分布在海洋中。由於分類階層愈高即表示生物血緣關係愈遠，也就是生物間的遺傳 (基因) 愈歧異，這也等於意味著可供人類發掘利用的潛力就愈高。因此對海洋生物實在有必要去積極加以調查研究，並善加珍惜妥予保育，以免在人類尚未發現命名和了解它們之前就已經被趕盡殺絕了。

　台灣面積雖小，佔全球陸地面積的比例甚小，但台灣海洋生物的種類之多，卻可達到全球物種的十分之一。譬如魚類、珊瑚、海藻、甲殼類等。因此相對而言，台灣海洋生物種類之多，要比平均值要高出500倍。造成台灣海域生物豐富的原因，除了複雜之底質、地形、水深、海流等生態因子條件之外，台灣位於全球物種種源最豐富之西印度太平洋區的邊緣，在物種演化之歷史因子的長期孕育下，也是台灣擁有豐富海洋生物相的另一原因。可惜的是台灣的海洋生態過去一直沒有受到國人應有的重視，海洋生物的調查也十分不足。特別是過去注重經濟成長及漁產量的增加，而忽略了保育與生態平衡，以致於海洋環境迭遭破壞，漁業資源因過漁而日益枯竭。就以我們可以走到看到的海岸線來講，海岸也愈來愈失去它原來有的自然景觀，取而代之的是許多水泥的人工堤岸或海岸等等，使台灣「寶島」快變成「堡島」海岸的生命線已日漸式微。
　海洋生物的分佈主要受海底地形底質、海流與水溫等因素影響最大。本省西岸皆為砂質淺灘，棲息種類除中表層洄游魚種外，均為沙泥底棲性之物種。東岸之深海直下數千公尺其間所孕育之深海生物可惜迄今仍未調查與開發。岩礁或珊瑚礁棲性之物種複雜，台灣之岩礁或珊瑚礁呈不連續之帶狀或塊狀分佈，多集中在北部、南部及離島地區。由於台灣恰位在黑潮主流（高溫高鹽）、閩浙沿岸水（低溫低鹽）及南中國海（高溫低鹽）等三水系之交會處，海流、水文、底質、水深各條件均備，故台灣海域面積雖小，卻擁有如澳洲大堡礁或菲律賓、新幾內亞般的豐富海洋生物相。而且台灣南北之生物顯著不同（西部在澎湖東吉或西吉一帶交會），如許多魚種係南有北無或相反，使本省之海水魚種具有甚高生物地理分佈之學術研究價值。至於魚類以外的其他海洋生物是否也具有以上同樣地理分佈的類型，則仍有待各行專家去研究證實。

　在台灣所發現之海洋生物化石甚多，此等古生物由於已絕跡而與海洋生態無關，故在本文中略去不提。至於海洋微生物與浮游生物在整個海洋生態體系中扮演生產者、初級消費者與分解者之角色，其地位十分重要。然而由於其體型微小，肉眼難見，且以浮游性為主，對其種類與分佈之了解尚不夠全面及完整，許多資料均散在各局部海域之生態調查或環評報告中。以下僅就體型較大之現生本土海洋生物之種類與分佈作一初步之整理。表1 為比較本省現存或估計全世界之大型海洋生物之種類。
　（一）海藻與海草
　由於大型海藻需行固著生活，故多分佈在台灣南、北、東及各離島岩礁岸 ，季節變化明顯。台灣的藻類共有 476 種（55%紅藻，24%褐藻，21%綠藻），如包括藍綠藻在內，則共已記錄有 524 分類單元。海藻從潮間帶到50公尺深的海底都有分布，夏季因水溫高不利其生長，藻類最少；冬天則欣欣向榮，潮間帶上常見一片綠色石蓴或石髮；低潮帶則是紅藻多，岸邊可見大量黃色馬尾藻。海藻替海岸平添亮麗景觀也可供魚、貝、海膽等所食用，有些藻還會分秘石灰質骨骼，協助造礁。本省海藻資源之應用，以龍鬚菜及紫菜利用最廣。前者已有卅年歷史，年產近五萬公噸，大多用於製造洋菜及九孔養殖之飼料。紫菜養殖亦有廿年，大多在澎湖、金馬地區，面積小，產量不高。此外礁膜 (俗稱海菜）為另一食用藻，主要產於澎湖，用於製成海菜醬內外銷。 馬尾藻亦可製成醫藥、飼料、肥料和提鍊藻膠用，石花菜和翼枝菜則是製造洋菜的上等原料， 目前數量已少。其他還有多種食用海藻則為沿岸少數居民所食用。
　海草在本省之種類與數量皆少，多半夾雜在淺海珊瑚礁區內，如墾丁或澎湖等離島低潮線下1～2公尺內之淺水域。南中國海之東沙島俗稱海人草，則數量甚豐。少數種類則分佈在較深之礁區周緣之沙泥地上，目前海草在台灣尚乏人進行調查研究。 　
　（二）海洋無脊椎動物
　台灣的海洋無脊椎動物研究十分落後， 目前只有在甲殼類、珊瑚、貝類、棘皮動物方面其分類調查研究較多，其餘各類不是尚在起步就是完全乏人問津。在腔腸動物方面，除水母外，共記錄有水螅蟲綱 16 種，珊瑚蟲綱 300 餘種；軟體動物方面估計約有 2,500～3,000 種，其中的掘足綱 15 種，多板綱 20 種；頭足綱 70 種以上，雙殼綱 635 種，腹足綱 1,800 種以上；甲殼類方面，蝦類（長尾類）250 種以上，寄居蟹（短尾類）293 種；棘皮動物方面，海參 26 種，海星 16 種，陽燧足 25 種，海百合 20 種及海膽 35 種以上。以上之種類隨調查分類工作愈多將愈增加。
　以下分別就幾類主要的無脊椎動物作簡要的介紹：
　1. 海綿動物 ─ 海綿是固著生長，看來像植物，但它有襟細胞有鞭毛來過濾海水濾食，故為動物，它的受精卵在水中亦孵化為鞭毛幼蟲可運動，直到定棲為止。海綿的形狀色彩極富變化，分類甚難，國內尚無專家。它的體表也可供其他生物再附著，它體內複雜的管道系統也棲息著形形色色的生物，如蝦、蟹、陽燧足 ... 等等。也正如造礁珊瑚一樣，海綿的體壁細胞內也有共生藻的存在，二者彼此行互利共生。有些海綿具經濟上的價值，如前所述的浴用海綿即為一例。此外如鑽孔海綿可以鑽入含有碳酸鈣成分的基底內，往往會造成珊瑚礁及牡蠣床的嚴重破壞。海綿在南台灣分佈甚廣，從潮間帶到深海，幾乎處處可見，尤其是珊瑚礁的嚴壁、洞穴、溝縫和隱蔽處，最為常見。在開放性的礁壁上大概60%的海綿種類有化學性毒，故最好不要用皮膚去觸摸。特別是擦傷或刮傷後，會引起皮膚腫脹、發疹、灼痛感等。
　2. 刺胞動物 ─ 因本門動物之觸手上皆有一層刺細胞，又稱刺細胞動物，主要功能為攝食及防衛之用。本門生物皆屬水生，且大部產於海中，身體構造主要分為水螅型及水母型兩種，前者行固著生活，後者則能自由游動。世界約有9,000種。在分類上可分為水螅綱約2,000種；缽水母綱約200種，及珊瑚蟲綱約6,000多種三大類。其中前二者在有性生殖上有世代交替之現象，即其生活史有分為水螅世代及水母世代，而水螅綱以水螅世代為主，水母世代主要作用為有性生殖，缽水母綱則以水母世代較為顯著，我們常吃之海蜇皮即屬本綱之動物。另外海中常見之海葵、珊瑚則屬於珊瑚蟲綱，其生活史僅有水螅世代，而無水母時期，藉附著於他物行固著生活，幼蟲時期則具游泳能力，以便分佈至他處。
　3. 扁形動物 ─ 在珊瑚礁海域內，僅偶而可發現到渦蟲綱一類的蹤影，其它兩綱因為寄生性，故僅在魚體內較多，並無自由生活者。海生渦蟲類俗稱 "海扁蟲"，大多躲在岩石下或縫隙中，捕食小動物為生，偶而亦可以波浪狀運動游泳，其中有些種類體色非常鮮艷美麗，如黃點海扁蟲在黑色鑲白邊的嬌軀上，散佈著數百個細小的黃點，非常的搶眼。
　4. 環節動物 ─ 珊瑚礁海域內有許多毛類的環節動物，從潮間帶以下，任何礁石或泥沙中都棲住著許多沙蠶狀的多毛類，這些大多為自由生活者，另外有一群蟄居或作棲管而居的多毛類，也是到處可見，此外，珊瑚的骨骼內也常有各種的多毛類鑽孔住在裡面。在潛水時最常見的一種叫大旋鰓蟲的著生多毛類，它們大多住在山狀珊瑚骨骼內的棲管中，僅展伸它們那一對五顏六色的羽鰓濾食浮游生物，形狀好像一棵小型的聖誕樹長在小山丘上。另外有一種體型較大，羽鰓不呈螺旋狀而具有各色斑紋的印度毛槍蟲，和另一種羽鰓呈螺旋狀而顏色單一，呈白色或紫紅色的旋鰓蟲，都是在深入礁岩的膜質棲管中，遇外物靠近，就立刻縮回管中以求自保，這些美麗的多毛類，為海底景觀增色不少！
　5. 軟體動物 ─ 為生物界中之第二大類，現生種超過10萬種以上，一半在海洋中，其中比較重要的類別如下：
　(1) 多殼綱 ─ 亦稱雙經綱，其中以石為代表。通常在長橢圓形的身體表面，覆蓋有8片介殼排列著。最奇特的地方是它沒有眼睛和觸角，而在介殼的上面，卻生有許多感光作用的殼眼，替代了眼睛的功能。台灣約產十種。主要以各種藻類為食，兼食有孔蟲、蔓腳類、珊瑚及海綿等。目前其中膽石鄨生活在潮間帶岩礁岸；由於它乞行動緩慢，通常在夜間活動，因此白天躲藏在岩縫中不易被發覺。
　(2) 腹足綱 ─ 腹足綱又名一枚貝，頭部發達而且有眼和觸角，口中有發達的齒舌，以腹足前進，現生種約有4~8萬種，台灣約產一千七百種。其分佈因種類而異，絕大部份棲息於海岸邊的礁石上，或藏身於珊瑚礁中及其附近的沙質海底，或與其他底棲無脊椎動物共棲。根據觀察記錄得知較常見的種類以笠螺、蠑螺、蜑螺、玉黍螺、蟹守螺、寶螺、骨螺、峨螺、筆螺、芋螺及裸鰓類等科別類數量最多，盛產於恆春半島各地沿海。
　(3) 雙殼綱 ─ 又稱斧足綱或二枚貝，以斧足運動，兩片介殼，包括有蚌、蛤、牡蠣等，大多數具有經濟價值，現生種約有七千五百餘種。大部份種類棲息於沙底中，不易採獲，因此種類數目可能不只如此。另外有些固著在岩礁、珊瑚或其他生物體的表面的種類則比較容易調查，例如硨磲蛤、黑蝶貝、五爪牡蠣蛤、仙履魁蛤、花障泥蛤及尖角江瑤蛤等種類，在本海域珊瑚礁區較為常見。有些鑽孔貝類則鑽入珊瑚體內棲息，只留一小孔讓水流通過，因此，這些種類是最不易觀察採獲的貝類。又魁蛤科的種類除附著在岩礁的比較容易發現外，其它如仙履魁蛤喜歡棲住在活的鐘形微孔珊瑚上面或是紅鬍魁蛤，十字魁蛤和鬍魁蛤棲住在珊瑚縫隙或枝角間，更是不易觀察。鶯蛤科是珊瑚礁海域中，可以最直接觀察到的種類，一般喜歡附著在海扇、海鞭及一些軟珊瑚的身上。
　(4) 頭足綱 ─ 由於足生長在頭部的周圍，所以叫做頭足類。本綱包括章魚、烏賊、魷魚、鎖管和鸚鵡螺等多腕足的動物，頭部和眼睛發達，運動活潑、多數能夠游泳，全為肉食性，但外殼退化，只有鸚鵡螺具有真正的貝殼，產於西南太平洋的深海中。頭足類大約有685種，其中以管魷類種類最多，其次為章魚類；而烏賊類最少。 在分類上最簡易之區分法為：章魚類具有八腕，而烏賊類及管魷類具有十腕；烏賊類具有石灰質甲，而管魷類具有皮質軟甲；鎖管類眼球外有膜，故又稱為閉眼類，而魷類之眼球外無膜，直接與外界接觸，故又稱為開眼類。由於頭足類大多具有游泳能力及季節性遷移，或是為交配產卵迴游的本能，非一般貝類的移動緩慢或固著性，因此在記錄上，烏賊及章魚都是在偶而遇見下觀察得到的，而無法掌握其數量與分佈。
　6. 節肢動物 (甲殼類十足目) ─ 據鄭明修先生之調查，目前已近300種，其中以扇蟹49種最多，其次分別為長臂蝦38種，槍蝦32種，方蟹16種，沙蟹16種等等。熱帶淺海珊瑚礁的真蝦類和梯形蟹類，大多數種類與其他動物有共生關係。營共生的蝦類主要是屬於長臂蝦科和槍蝦科的種類，而藻蝦科和蝟蝦科種類也有許多種有此共生行為。若將棲息珊瑚礁區有共生行為的甲殼十足類，以宿主類別區分，可為與珊瑚、海葵、蝦虎魚、海綿和棘皮動物等五大類，另外尚有清潔站中之清潔蝦種類等。牠們在行為、演化等各方面都十分有趣。
　7. 棘皮動物 ─ 棘皮動物在珊瑚礁海域內也相當常見，其中海膽和陽燧足無論是在潮間帶或是亞潮帶內的數量都相當的多。海膽中以鑿穴性的梅氏海膽和體型較小的紫叢海膽兩種為主。海膽所鑿的洞穴使岩石的表面布滿了凹洞。陽燧足多藏身在石頭底下。海羊齒依其行為大致分成兩類，其中一類多藏身在岩縫、洞穴和石頭下面，另外一類如許氏海齒花和本氏海齒花，則多棲息在岩礁上面，以其羽狀的觸手捕捉浮游生物。在此處，海星的數量並不多，並且僅見於亞潮帶 (以藍指海星為主)。如一般其他海星，藍指海星在白天多隱藏在岩塊下，夜間才出來活動。此外，一些海參，如斑錨參、黑海參、棕海參等種類，則多隱藏在岩石下或生活於港灣中。
　8. 海鞘 ─ 海鞘類常見於礁石表面。濾食性的海鞘在數量上以大型的單體海鞘及小型的群體海鞘等兩種居多。
　9. 頭索動物 (文昌魚) ─ 文昌魚全世界僅1目1科2屬22種。它主要分佈在熱帶砂質底之淺海域，特別以印度太平洋區為多，少數亦可達亞熱帶或溫帶之其它各大洋。文昌魚的世界分佈雖廣，但在國外之數量卻甚少，惟有在中國大陸東海至南海一帶數量最多，其產量之豐在廈門包括金門一帶甚至成為一種特殊之漁業資源。台灣地區之文昌魚亦曾在墾丁南灣及宜蘭灣海域發現。
　文昌魚為底棲性對棲地環境之需求有一定的條件，如廈門文昌魚性喜疏鬆砂質為主之底質，分佈水深則可由高潮區0m到60m之深海，但主要仍在低潮線至20m水域為主。成魚多半半埋砂中，以口部之觸鬚來濾食水中之矽藻等單細胞藻類，偶會攝取體型較小之浮游動物或原生動物等。幼魚則在夜間上浮至水層中行垂直遷徒的習性。文昌魚為雌雄異體，體外受精。文昌魚在廈門地區因具經濟價值，故大陸學者對其繁養殖方面之研究頗多。由於文昌魚之棲息環境多在易受人為因素影響破壞的沿岸地區，再加上過漁濫捕，已使其資源有滅絕之虞，故實有劃定保護區予以善加保育的必要。中國大陸目前已將文昌魚列入其國家重點野生動物的保護對象。
　(三) 海洋脊椎動物 ─ 魚類
　全世界的魚類約有28,000種，台灣應佔了其中的十分之一，其中一半都在珊瑚礁地區。珊瑚礁魚類是指生活在淺海珊瑚礁區的海水熱帶魚類，或稱海水觀賞魚，它們一般體型它較小、多變化，且色彩豐富艷麗，台灣估計應在1,500種左右，佔台灣全部2,300種魚種的三分之二。它們大部分都集中分布在台灣南北兩端及小琉球、蘭嶼、綠島及澎湖幾個離島海岸。台灣的島嶼雖然不大，南北全長不過450公里，使南北海底的景觀和主要的魚種卻大異其趣。這主要是因為南北的水溫不同，在北部冬天的水溫可低到攝氏16～17℃，但南部最低水溫攝氏也有21～22℃的海域，所以魚種有相當大的差異。台灣南部的海域，因拜黑潮暖流由赤道北上之賜，海水清徹溫暖，使這裡的珊瑚礁生物種類繁盛，可以比美澳洲大堡礁，或與位於赤道，一般認為是全世界海洋生物物種最歧異的印尼、菲律賓的熱帶海域相比，也毫不遜色。這許多暖水性魚種的浮游性的魚卵或仔稚魚也是拜黑潮之賜，從菲律賓一帶由南向北漂送過來，然後在這裡定居下來。據調查目前在墾丁國家公園海域所記錄過的珊瑚礁魚類數目已在1,200種以上；面積較小的小琉球、蘭嶼、綠島也都有七、八百種的魚類，可以說是非常值得我們引以自豪且應善加珍惜的本土自然生態資源。
　珊瑚礁魚類種類之所以如此富於多樣性，是因為珊瑚礁本身構型、質地提供大大小小不同的洞穴、孔隙，適合各種不同魚類的棲息，另外珊瑚礁上許多的無脊椎動物或海藻亦可提供餌料或魚兒的共棲共生的伙伴，滿足了各種不同魚種的需求。另外在空間的利用上，珊瑚礁魚類也有時間上的區隔，像夜行性的天竺鯛、擬金眼鯛、金鱗魚、海鰻等魚類，在白天時，躲在大型獨立礁的洞穴、礁簷或縫隙中休息，到了晚上，它們才出外覓食活動，把棲所的空間騰出來給日行性的雀鯛、隆頭魚、粗皮鯛等來使用，充分利用了珊瑚礁的空間資源。這種在時間、空間及食物上有效的分配利用，是使這麼多不同種類珊瑚礁魚類得以和平共存在一個狹小地區的主要原因。
　珊瑚礁魚類的食譜可以說是洋洋大觀，從草食性、肉食性、雜食性到專門吃浮游動物或是珊瑚上的水螅體的都應有盡有。珊瑚礁草食性的魚類種類較少，因為它們愛吃的海藻只生長在水淺陽光充足的礁石地區。像粗皮鯛、臭都魚、烏魚、及等都是素食主義者。這些專門吃植物的魚類，其牙齒較細密，腸子的長度也較長，這是為了要有較長的時間來消化植物具纖維素的細胞壁所演化而來的。有些粗皮鯛科的魚類，它們的腸內甚至像白蟻一樣的共生菌協助其消化。肉食性的珊瑚魚類則佔了大多數，也就是說大部份的魚會吃其它的魚類、蝦、蟹或是貝殼類。如大洋中惡名昭彰的白鯊或是海鰻等都是肉食主義者。通常它們都具有強大尖銳的牙齒，以便咬住或撕碎獵物，但有些肉食性的魚類像石斑、狗母、虎、鷹斑鯛等則是以吞食的方式取食，所以不需要尖銳的牙齒。
　珊瑚礁魚類千奇百怪的形態常令人嘆為觀止。它們體型的大小可以從長達一公尺以上的大石斑或鯊魚，小到必須用放大鏡來看，成熟體長小於一公分的處魚。它們的體型也從側扁 (蝶、粗皮鯛、雀鯛、蓋刺棘蝶、天竺鯛 ...)、平扁 (比目、牛尾)、紡錘 (烏尾冬)、圓筒 (海鰻)、細長 (馬鞭、海針、管口)、球形 (四齒魨)、到方形或三角形 (箱魨) 不一而足。這些豐富的形態變化都是歷經千年、萬年長期演化的結果，它們都各自有它特殊的生態行為和功用，使它們能夠在生存競爭激烈的珊瑚礁區中生存下來。珊瑚礁的魚類豐富色彩也是長期演化的結果，是它們用來隱蔽自己，逃避敵害的方式，此外還可以用來辨認同類及吸引異性。但許多魚類具保護色和擬態的功夫就沒有辦法在海底辨識種類，或甚至發現到他們。像石狗公、比目魚等等可以模仿四種環境的底質狀況來偽裝自己，一方面可以避免被其它大大魚掠魚，二來也可以趁機去獵捕其它的小魚，即可攻又可守。珊瑚礁海域中，肉食性魚類為數眾多，因此魚類為了有效防止大魚的攻擊，都會在身體構造或是生態行為上發展出一些特殊的防禦方法來謀求自保。像魚類的群游、共游、共棲、發電、隱身、擬態、模仿、警戒色、倒游、毒腺、魚毒、硬棘或硬殼等等，可以說都是為了自衛所長期演化而來的結果。珊瑚礁魚類共生的例子可以說是多的不勝枚舉。它又可分成魚類和魚類間彼此的共生或是魚類和無脊椎動物之間的共生。譬如在本省南部珊瑚礁外圍砂泥地裡常可見到的一種共生行為是虎或塘鱧和槍蝦的守望相助的共生。其它如小丑魚與海葵的共生是最為人熟知的一個，水母傘頂下的圓鯧或花瓣鯧也是一樣，魚類和魚類之間共生的例子較少，最典型的例子就是裂唇鯛，過去叫半帶擬隆鯛，也就是俗稱藍倍良或魚醫生的清潔行為。
　珊瑚礁魚類經過長期的演化，它們用來傳宗接代的方法也已演變出許許多多不同的方式。譬如在性別的決定上就十分困難，因為許多隆頭魚、雀鯛和鱸魚等等的魚類都有性別轉換的現象，它們可以先雌後雄或先雄後雌，完全看該種魚是一夫多妻或一妻多夫制。 　

　（一）天然災害方面
　1. 颱風 ─ 所引起之狂濤巨浪會直接破壞沿岸海洋生物棲息之海底生態環境，特別是摧毀質地脆弱之珊瑚叢。
　2. 寒流 ─ 不正常之冷水團入侵，使海洋生物躲避不及而凍斃，過去南灣及澎湖地區均曾發生過海裡魚群凍斃的事件。
　3. 淤沙 ─ 雨季時大雨會將陸地上水土保持不良之泥沙沖入海洋，使海水混濁，珊瑚之成長受到抑制，間接影響許多棲息其間的海洋生物。
　4. 其他 ─ 像破壞珊瑚之棘冠海星的大量繁生，或因雙鞭藻所引起的赤潮等，所幸此二者均尚未在台灣造成明顯的災害。最近 El Nino (聖嬰) 及La Nina (女嬰) 現象所引起太平洋海面水溫及洋流動向的變化除改變氣候外，是否會影響海洋生態及漁業也已受到大家普遍的關心與重視。
　（二）人為災害方面
　1. 過漁 ─ 台灣的漁獲量每年高達135萬噸。台灣同胞的愛魚方式不是真正的愛魚、保護魚，而是愛吃、愛養、愛釣，更吃活海鮮、魚翅、海馬 ...，吃的種類太多，和日本、歐美等先進國家只吃少數幾種洄游性資源量多的魚種不同。
　2. 誤捕、非法毒、電、炸。
　3. 棲地破壞 (碎裂) ─ 海岸被鯨吞蠶食，因要發展經濟 (科技島) 而需要土地來闢建工業區、海埔地、淺海養殖、海岸遊憩、人工海堤、港灣等設施；而海岸土地成本最低，但對其生態了解最少，也缺少專責管理機構 (目前有34種法規，分屬七個主要機關)，各項開發案之環評資料不足 (生態項目之權重低)、民眾對海洋生態保育觀念不足也是問題。
　4. 污染 ─ 由於一些案例，使民眾環保意識開始覺醒。例：核三廠珊瑚白化、核二廠秘雕魚、中油旗津外海油污、桃竹苗漁網遭油污、西南海岸文蛤暴斃、二仁溪外海綠牡蠣。
　5. 外來種。
　6. 全球變遷。 　

　（一）加強調查與監測
　推動區域性之合作計畫來收集、整理各類與海洋生物或生態相關之資訊，包括加強調查了解海洋生物的種類組成、地理分佈、數量與季節變化、群聚變遷及生態習性等。進而與地理資訊系統（GIS）結合建立資料庫，並提供全球資訊網（WWW），可公開使用查詢，提供宣導、教育、研究及資源經營管理、保育利用之參考。有了這些資料庫，不但可以找出那些種類已屬稀有或瀕臨絕滅，必需建議採取「物種保護」的保育策略，同時可以界定那些地區的海洋生物或生態已遭到相當的破壞，或為保護某些特殊的珍希物種或採取「棲地保護」的策略。
　（二）推展宣導教育
　使民眾藉認識了解本土的海洋生物來支持並參與海洋生物的保育行動。因此除在各種宣導媒體上廣為報導介紹本省之稀有的海洋生物現況外，並宣導正確的保育觀念，包括不抓（珊瑚、貝類）、不養（觀賞性海水寵物）、不吃（包括海豚、海龜、熱帶魚及供作中藥材之海龍、海馬等）稀有物種，摒棄食補觀念；推廣實地潛水去認魚、賞魚、餵魚、水底攝影等的戶外活動等。國內目前正籌竣中的國立海洋科技博物館、國立海洋生物博物館、澎湖水族館與民間企業計畫投資之大型國際水族館等均應能充份發育教育宣導之功效。此外政府與民間亦可支助出版圖鑑或保育手冊，有助大眾認識而不誤捕，同時對海關及港檢執法人員在執行取締工作時亦能有所幫助。
　（三）積極復育魚源
　劃定沿海保護區，禁止任何人員或人為平擾仍是最簡易有效的保育措施。台灣南部核三廠入水口因為禁止人員進入，自興建運轉迄今十餘年來，已逐漸長成一處極為獨特繁盛的珊瑚礁群聚，即為一最佳例証。此外在適當海域投放人工魚礁，藉增加人工棲所來改善本省沿岸因岩礁數量不足而無法增加海水魚類數量及分佈的限制因子。此兩項工作台灣亦已行之有年，後未已具有相當成效，而前者之取締工作則相當困難。
　（四）立法保護嚴格執行
　應在野生動物保育法中考慮增列稀有海洋生物，以作為取締捕撈販售之依據；加強稀有魚類之進出口管理，以導正目前熱衷飼養海水寵物之不良風氣（人工繁殖成功之種類則不在此限）。許多經濟魚類資源之保護措施，如漁期、漁法、漁具或漁獲量、體長大小之限制與禁止等均應確實執行。特別嚴格取締在保護區內從事非法活動，或任何毒魚、炸魚、獵魚或排放污游物之行為。
　

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