1.國內外之評估資料一直難以提出令人信服之量化數據及評估結果。如利用水肺潛水觀察，因所觀測之範圍有限，取樣之頻度與時間少，有”快照”(snapshot)的問題，成效推估統計方法亦不一致；此外，可能有些魚類會受到潛水調查員之干擾而離開礁區，也缺乏夜間觀測及長期監測資料等等。目前報導魚礁成效的好壞，大多是利用潛水錄影或攝影的畫面來呈現，固然影像可以眼見為憑，但也會被質疑可能只拍效果好的畫面，而不去拍一些聚魚效果差、礁體殘破或埋沒的畫面。面對以上問題，利用發展水下即時監測系統是可能解决此一爭議的一個有效方法。
2.國內倒有不少在魚礁區調查水文、水質、浮動之資料，但這些資料很難與魚礁之成效作關聯。另外也有利用樣本戶之手釣方式取樣或用漁民於礁區作業之問卷調查方法。但其資料甚少，且有可信度的問題。至於利用漁探儀監測魚群的動態及密度的方法，則有不能辨別魚種及無法偵測到底棲魚類的缺點。
3.不同礁區及不同魚礁的礁體之材料及構型，其聚魚之效果及礁體之持久性相信各有不同，且其間之差異性頗大。但由於各礁區在投放魚礁後，其聚魚成效及礁體本身是否持久，是否沉埋、解體或移位等等尚缺乏長期追蹤資料。也有不少礁區在投放後，迄今完全沒有追蹤調查，故目前尚難對台灣魚礁成效作全面性且較客觀之評斷。因此，魚礁之總體檢工作似有必要來推動。
4.投放魚礁之成本是否可以回收的問題亦很難回答，因為目前尚沒有一處礁區有過長期深入之監測計畫在進行。

　魚礁之培育及聚魚效果已無庸置疑。台灣早期設置魚礁之目的，除了防止底拖網作業，促使漁民放棄流刺網等網具而改為釣具漁法作業，間接達到棲地保護及培育資源之效果外，也方便漁民就近前往定點漁獲、增加漁民收益。但由於台灣周邊海域漁業資源仍在持續減少，資源保育之訴求日益强烈，故人工魚礁未來應朝向就地劃設海洋保護區或利用限制漁季的方式來管理，而不應利用魚礁作為「副漁具」來聚魚，更方便漁民或釣客把礁區的魚類資源去利用或消耗掉。換言之，政府應鼓勵現階段之魚礁區周圍1-2公里的範圍內均劃設為禁漁區，嚴加管理，讓魚礁純粹發揮其培育資源之功能。礁區內所增加之資源自然會游到礁區外再被漁獲利用。
但如果未來所投放的魚礁均劃為保護區，而不能去漁獲利用，漁民可能無法接受。故未來仍需透過管理採取漸進方式來逐步推動。如果魚礁區之能見度、水深及海象合適，更可以考慮將魚礁區開發為潛水賞魚的生態旅遊景點，讓當地社區之漁民能夠獲益，則應更易達成雙贏的目的。但這也還需要多加強宣導教育及未來管理取締的工作。

1. 早期魚礁投放地點之選擇原則需要遠離礁區相當的距離。但不幸政府所委託投放之廠商曾將魚礁誤投到珊瑚礁上，遭成生態衝擊，也因而引起嚴厲的抨擊，及要求珊瑚礁地區應完全禁止魚礁的投放。也因此政府從今年起所補助及投放的魚礁區己不會設在小琉球、綠島及蘭嶼等珊瑚礁區域。
2. 墾丁國家公園保護利用管理規則中明列，在海域生態保護區及特別景觀區內不准投放人工魚礁，但在海域遊憇及管制區內則並未禁止。亦即在其珊瑚礁區外如經申請許可，仍可投放。縱使如此，墾丁國家公園海域內除早期在國家公園成立前的1977年在南灣有過投放外，迄今均未再有任何投放。然而，國家公園內之珊瑚礁魚類却因人為捕撈、棲地破壞、污染已大量也幾乎沒有大魚及成群的魚再出現，故在礁區外投放魚礁應有加速復育當地魚類資源之效果。另外因珊瑚礁區之水質清澈，適合潛水生態旅遊，因此在珊瑚礁區外圍之砂地上投放魚礁，聚魚及培育魚類，其實應有創造景觀，發展潛水遊憩活動之功能與潛力。此外，到魚礁區潛水也有疏散在天然礁過多潛水活動的壓力，減輕對天然礁的破壞。
3. 由於大部份典型的人工魚礁中央都有大的空隙或孔洞，並非如天然珊瑚礁密實而有許多小孔洞或縫隙之結構，因此縱使珊瑚礁生物附著生長茂密，也可能無法完全模仿珊瑚礁。此亦可由魚礁投放後之魚種組成與天然礁兩者間的差異可以得知。其實，魚礁投放之目的並非為了復育「珊瑚」，而是為了要復育「魚類」資源。雖然國際上近年來有不少討論利用魚礁來復育珊瑚之可能，甚至於探討利用珊瑚移植到魚礁上來作復育的可行性，但因此一議題在台灣學界仍有爭議，故台灣政府目前已暫停在小琉球、綠島、蘭嶼的珊瑚礁推動魚礁的工作。

1. 台灣三海浬沿海亞潮帶之底質有90%以上皆為砂泥地底質，故缺乏岩礁是台灣岩礁棲性魚類數量及其分布之主要限制因子，故在砂地上投放魚礁將有助於培育高經濟價值之岩礁性魚類之資源應無庸置疑。
2. 因台灣四周大多為砂泥地，面積廣泛，投放之魚礁既使成千上萬座，亦應仍有如滄海中之一粟，對砂地之整體生態之影響有限。此與在潮間帶上設置水泥堤、投放消波塊之負面效應是不能等同視之的。後者之地點因為在沙岸潮間帶，在地圖上係呈線狀分布，面積窄，且有許多沙岸生物只能在沙岸潮間帶生活、繁殖及孵育成長，如彈塗魚、招潮蟹、鱟、海龜等等。故若沙岸棲地改變為岩礁岸，則可想見它們對沙地潮間帶之生物多樣性會帶來多麽嚴重之破壞。不幸的是台灣已有51%的天然海岸己經人工水泥化了。
3. 亞潮帶投放魚礁是否會破壞沙地生態系，迄今尚未見有任何研究報告可以證明。反之砂地上設置魚礁却可發揮獨立礁的聚魚或地標效應，提供魚類庇護及棲息的場所。大型礁體也有形成局部湧升流，或促使水層中之能量沈降到礁區底層之效果，或許反而能使礁、砂兩地之物種均更為豐富多樣。
4. 在任何自然環境，包括荒地，實不應有任何人造物體的投入，這是保育的普世理念，應予認同與尊重。遭人為破壞後的棲地復育是不得已的做法。如果海洋中未發生過漁的問題，魚類資源也不需要再靠投放人工魚礁來復育了。只是設置魚礁畢竟要付出不少的成本，如果能配合劃設禁漁區，發展生態旅遊，兼顧保育及利用，豈不兩全其美。

1. 早期國外魚礁投放大多採用天然的樹叢 (如台灣之烏賊礁) 或石塊、或是利用廢棄的人造物體，如廢胎、廢油桶、廢車、廢船、廢電桿等等之再利用 (reuse)，此並非再循環利用 (recycle)。但這些礁體如果不能堅固持久，易受自然或人為因素之破壞而支離破碎，被沖散各地甚至上岸，反而會產生製造垃圾的負面效應。台灣因為石塊來源不多，且有颱風頻仍的問題，故台灣過去大部份使用的魚礁材料都是利用水泥。但利用水泥不但成本高，且過度開採及使用水泥也有違生態保育。且水泥礁之構築成本高也相對地使魚礁投放後要回收其成本的希望更難達成。鋼鐵礁則也有同樣的問題。台電過去曾有利用電廠飛灰底質再利用的研究及應用，但數量不多亦未推廣。
2. 廢船或廢坦克等難以拆除或拆除成本昂貴的廢棄物，與其棄置在陸上或掩埋而成為毫無用處的廢物，倒不如投放在海底當成人工魚礁來使用。只是這些廢船或廢電桿所投放之水域要深，地點要準，以免妨礙船隻航行及流刺網作業。
3. 近年來阿瑪斯貨輪在墾丁國家公園龍坑海域擱淺，或聖荷兄弟號化學輪在新竹外海之沈船事件，引發污染或妨礙漁民作業之求償訴訟，包括生態及漁業之經濟損失。但也有是否可將這些沈船移作人工魚礁之爭議。的確這些貨輪如沈沒地點適宜，在經過一段污染期，也會有人工魚礁之功能。但如沈沒地點不當甚或解體，反會造成生態破壞或影響漁民作業。最近文建會正在製訂水下文化遺產保存法，並全面展開水下古沈船的調查與維護及管理。這些早期因意外沈沒的船艦因年代久遠，故有水下考古研究的價值，同時也等同船礁，會有人工魚礁之效果，故若能配合水下考古對這些古沈船進行生態調查，正可作為了解船礁在投放後其長期生態變遷之參考。

　海洋漁業資源之復育已是全球各國政府的共識，第二次地球高峯會最先達成的共識即是要在2015年前恢復過去的漁源水準，建立海洋保護區網絡。欲達此目標，除了積極劃設海洋保護區，推動限漁措施外，「種苗放流」及「投放魚礁」就成了少數幾種政府可以採用的復育魚源的方法，台灣政府多年來亦不遺餘力在推動，其中魚礁工作受到漁民的認同，也發揮沿岸三海浬內禁拖的保護效果，但其培育資源之成效如何則仍難提出量化資料及全面性資料。以往投資在製作投放魚礁的工程費和調查監測的費用顯然不成比例。因此建議未來應先進行魚礁總體檢，並選擇若干代表性礁區進行較長期之監測與效益評估，將所得結果作為未來魚礁工作改進之參考。目前漁業資源未見起色，故建議應逐步將過去及未來設置的魚礁納入禁漁區，加强管理，讓人工魚礁真正能發揮培育資源的功能。