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我國海洋保護區的現況與挑戰
刊登於海洋事務與政策評論期刊創刊號 (2011年12月)
摘要
海洋保護區（Marine Protected Areas, MPA）早已被公認為未來恢復漁業資源與保護海洋生物多樣性最簡單，最有效且成本最低的方法。為能積極推動全球MPA之劃設，生物多樣性公約（CBD）、地球高峰會（WSSD）及世界公園會議（WPC）等重要國際組織或會議均訂定MPA的劃設目標，到2020年全球應至少有10%的海洋被納入MPA之範圍，並能予以有效管理及建成網絡。「MPA在各國所劃設面積的比例」也就被納入聯合國環境永續指標，或各國生物多樣性中的一項指標，用來評估海洋保育工作之成效。臺灣在2001年在行政院《生物性推動方案》中亦曾要求臺灣海域5%之面積應納入MPA；2013年配合2010年的《愛知目標》再修訂為到2020年時我國應將10%的領海納入MPA的範圍。
我國的MPAs係分別由《國家公園法》、《都市計畫法》、《野生動物保育法》、《漁業法》、《文化資產保存法》及《臺灣沿海地區自然環境保護計劃》所劃設的「國家公園海域保護區」、「國家風景特定區」、「野生動物重要棲地環境」、「漁業資源保護區」、「自然保留區」及「沿海保護區」等，目前共計有約80處地點。這還不包括剛通過的《濕地保育法》所劃設的「國家重要濕地」及縣市政府自行劃定的保護區在內。總面積約佔包含內水的領海面積的6%。但如將任何一項具限漁措施的海域亦視為MPA，則我國MPA之面積比頓時增為40.7%（未扣除重叠區為47%）。
然而MPA即使劃設數目再多、範圍再大，若未落實管理取締，則有如紙上公園，毫無意義及功能。過去由中央及地方政府所劃的的保護區，最大的問題仍是缺乏管理，如無告示牌、邊界不明、缺乏調查監測、未能嚴格取締、缺乏有效管理計劃、民眾守法及保育觀念不足、缺乏劃設MPA之誘因及執法之人力物力、執法之公權力不足等等。如何能徹底檢討改進，是目前更需要去迫切解決的問題。如衡諸國際上目前推動MPA的五大挑戰：1. 管理是否有效？2. 財務是否健全？3. 生態系代表性？4. 社區的參與性？及5. 如何保護公海？，則臺灣MPA未來應努力的方向應包括：
1. 要繼續劃設及增加MPA之地點、範圍、涵蓋各類生態系並建成網絡
2. 加強各MPA之調查監測、建立資料庫
3. 檢討修訂現有之MPA及相關組織及法規
4. 落實有效管理，並推動由社區管理及全民來檢舉違法的誘因及機制
5. 在經濟重疊或有主權爭議的海域考慮劃設海洋和平公園（Marine Peace Park; MPP）
6. 加強海洋保育的宣導教育
7. 應多派人出席MPA的國際會議及與國際接軌
1. 要繼續劃設及增加MPA之地點、範圍、涵蓋各類生態系並建成網絡
2. 加強各MPA之調查監測、建立資料庫
3. 檢討修訂現有之MPA及相關組織及法規
4. 落實有效管理，並推動由社區管理及全民來檢舉違法的誘因及機制
5. 在經濟重疊或有主權爭議的海域考慮劃設海洋和平公園（Marine Peace Park; MPP）
6. 加強海洋保育的宣導教育
7. 應多派人出席MPA的國際會議及與國際接軌
一、 臺灣海洋保護區的現况
（一）臺灣海洋保護區的劃設
臺灣最早的MPA應是在1984年由內政部依《國家公園法》所劃設的墾丁國家公園海域。1984年及2001年，交通部觀光局依《都市計畫法》，分別劃設了15處國家風景管理特定區。農委會林務局依《野生動物保育法》，劃設了海鳥或海龜的野生動物保護區。漁業署依《漁業法》，劃了26處漁業資源保育區。農委會亦依《文化資產保存法》劃設7處紅樹林或海岸自然保留區。直到2007年及2009年內政部分別成立了東沙海洋國家公園及臺江國家公園，MPA面積才大幅增加，且已涵蓋到珊瑚環礁及沙洲之潟湖生態系。除上述地點外，1984及1987年，內政部就《臺灣沿海地區自然環境保護計畫》，劃設了12處（或細分為23處）的沿海自然保護區。但因無法源依據，不能計入。內政部後來又作了第二次通盤檢討，將早期的12處MPA增加到23處，面積增加6.5倍，但目前仍被行政院擱置。2007年，營建署更結合水利署及林務局，針對沿海溼地或潮間帶、河口區評選出36處「國家重要溼地」。《濕地保育法》已在2013年已通過立法院的審議。2014年在保育團體的督促下，4-5月間林務局依野動法分別通過了《觀新藻礁生態系野生動物重要棲地環境》以及《中華白海豚重要棲息環境》的劃設，但核心區却仍允許漁業從來之現況使用。同年6月8日營建署正式成立《南方四島海洋國家公園》，10月正式掛牌。此外，各縣市政府亦依其權責劃有不同的保護區或保育區，如大肚溪口高美野生動物保護區、臺東富岡禁漁區、金門水頭鱟保育區、綠島之柴口、石朗及大白沙的珊瑚礁保護區、太平島的綠蠵龜保護區等等，但因資料尚未彙整，故亦未納入我國MPA面積比之計算。
（二）臺灣海洋保護區佔領海的面積比
為了要計算佔臺灣海域的面積比，主辦MPA的漁業署乃在2010年5月召開會議先就MPA作出如下之定義：「平均高潮線往海洋延伸之一定範圍內，具有特殊自然景觀、重要文化遺產及永續利用之生態資源等，需由法律或其他有效方式進行保護管理之區域」。依此扣除尚無管理法令依據之沿海保護區，及尚未滙入資料的國家重要溼地及縣市政府所劃設的MPA後。如分母以平行海岸線之12浬計算，則已佔13.96%，但如以含內水之外再加12浬領海面積（亦含東沙、釣魚臺及黄岩島）當分母，則MPA面積比僅佔5.65%。但2011年10月漁業署再度召集會議，會中並通過將若干縣市所劃設的12浬珊瑚禁漁區、沿岸3浬之底拖網禁漁區、或一些刺網、魩鱙、6浬之灯火漁業禁漁區、及禁止網具漁業的人工魚礁區等均計入分子。於是，臺灣MPA之面積比例頓時增加到46.99%（漁業署計算），但如扣除重疊海域，則其比例減為40.65%（表1、圖1），遠超過原先「國家永續政策綱領」或新修訂之行動方案到2020年需達到20%目標。此一問題的癥結乃出在政府與學者對「海洋保護區」的定義解讀及期許不同。
表1. 臺灣現有各類海洋保護區所佔海域面積之比例一覽表
註1：行政院農業委員會漁業署(2012)，「2012世界海洋日特展專刊」。
註2：中華民國第一批領海基線、領海及鄰接區外界線，中華民國98 年 11 月18日行政院院臺建字第 0980097355 號令修正。
臺灣MPA的範圍及所佔比例因對「禁漁」的定義不同而有不同的計算，紅色為學界計算的5.65%；而藍色為漁業署認知的40.65%
（三）臺灣海洋保護區的管理現况
保護區一旦劃定後，仍需訂定海域分級及不同目的使用之管理辦法，嚴格執行管理與取締工作才能奏效。全球的海洋保護區大致可歸成四大類：（1）禁止利用區（No-use zone）禁止所有人為活動；（2）禁漁區（No-take zone）只允許潛水及海上旅遊活動）；（3）緩衝區（Buffer zone）只允許適度的釣具漁業、小規模的養殖及生態旅遊；（4）永續利用區（Multi-use zone）允許多重目的使用，亦即開放所有的旅遊、漁業及養殖等活動。2012年6月8日「國際海洋日」，漁業署乃參考上述國際上分成四級的辦法推出我國MPA管理的三級分級制度及標識（logo）（圖2），亦即No-use, No-take及Multi-use等三級，而省略了Buffer Zone。但在此系統下除了東沙國家公園及富岡禁漁區等及少數幾個地點屬於二級外，其餘的MPA均變成第三級，如此的分級辦法，會使各級MPA所分配到的數目相當不均勻。2013年12月5日漁業署針對MPA之管理與執法召開跨部會檢討會議，決議每年度各單位執法取締的成果需詳列及追踪管理、上網公開；鼓勵成立民間巡守隊及统計巡護成果；以及當同一MPA有兩種法規競合時，保留主管機關可選擇何種裁罰較能有效執法之彈性等。亦即當產生法律競合的問題時，將依下列原則處理：如僅涉刑罰或行政法上義務部份，均依從重原則，比較重刑罰為核處依據。如應處罰鍰者亦依最高者裁處。如二法同時涉及刑罰及行政法義務時，依刑事法除罰之。至此，政府終於算是跨出了要加強MPA管理的重要一步。
圖6. 漁業署要求各機關根據不同的法令所劃設的MPAs應有統一的告示牌或看板。由左到右分三類：第1類「禁止進入或影響」；第2類「禁止採捕」；第3類「分區多功能使用」。
表2. 臺灣不同法令所劃設的MPAs，其目的、社區參與、罰則及是否有執法能力各不相同
臺灣最早的MPA應是在1984年由內政部依《國家公園法》所劃設的墾丁國家公園海域。1984年及2001年，交通部觀光局依《都市計畫法》，分別劃設了15處國家風景管理特定區。農委會林務局依《野生動物保育法》，劃設了海鳥或海龜的野生動物保護區。漁業署依《漁業法》，劃了26處漁業資源保育區。農委會亦依《文化資產保存法》劃設7處紅樹林或海岸自然保留區。直到2007年及2009年內政部分別成立了東沙海洋國家公園及臺江國家公園，MPA面積才大幅增加，且已涵蓋到珊瑚環礁及沙洲之潟湖生態系。除上述地點外，1984及1987年，內政部就《臺灣沿海地區自然環境保護計畫》，劃設了12處（或細分為23處）的沿海自然保護區。但因無法源依據，不能計入。內政部後來又作了第二次通盤檢討，將早期的12處MPA增加到23處，面積增加6.5倍，但目前仍被行政院擱置。2007年，營建署更結合水利署及林務局，針對沿海溼地或潮間帶、河口區評選出36處「國家重要溼地」。《濕地保育法》已在2013年已通過立法院的審議。2014年在保育團體的督促下，4-5月間林務局依野動法分別通過了《觀新藻礁生態系野生動物重要棲地環境》以及《中華白海豚重要棲息環境》的劃設，但核心區却仍允許漁業從來之現況使用。同年6月8日營建署正式成立《南方四島海洋國家公園》，10月正式掛牌。此外，各縣市政府亦依其權責劃有不同的保護區或保育區，如大肚溪口高美野生動物保護區、臺東富岡禁漁區、金門水頭鱟保育區、綠島之柴口、石朗及大白沙的珊瑚礁保護區、太平島的綠蠵龜保護區等等，但因資料尚未彙整，故亦未納入我國MPA面積比之計算。
（二）臺灣海洋保護區佔領海的面積比
為了要計算佔臺灣海域的面積比，主辦MPA的漁業署乃在2010年5月召開會議先就MPA作出如下之定義：「平均高潮線往海洋延伸之一定範圍內，具有特殊自然景觀、重要文化遺產及永續利用之生態資源等，需由法律或其他有效方式進行保護管理之區域」。依此扣除尚無管理法令依據之沿海保護區，及尚未滙入資料的國家重要溼地及縣市政府所劃設的MPA後。如分母以平行海岸線之12浬計算，則已佔13.96%，但如以含內水之外再加12浬領海面積（亦含東沙、釣魚臺及黄岩島）當分母，則MPA面積比僅佔5.65%。但2011年10月漁業署再度召集會議，會中並通過將若干縣市所劃設的12浬珊瑚禁漁區、沿岸3浬之底拖網禁漁區、或一些刺網、魩鱙、6浬之灯火漁業禁漁區、及禁止網具漁業的人工魚礁區等均計入分子。於是，臺灣MPA之面積比例頓時增加到46.99%（漁業署計算），但如扣除重疊海域，則其比例減為40.65%（表1、圖1），遠超過原先「國家永續政策綱領」或新修訂之行動方案到2020年需達到20%目標。此一問題的癥結乃出在政府與學者對「海洋保護區」的定義解讀及期許不同。
表1. 臺灣現有各類海洋保護區所佔海域面積之比例一覽表
註1：行政院農業委員會漁業署(2012)，「2012世界海洋日特展專刊」。
註2：中華民國第一批領海基線、領海及鄰接區外界線，中華民國98 年 11 月18日行政院院臺建字第 0980097355 號令修正。
臺灣MPA的範圍及所佔比例因對「禁漁」的定義不同而有不同的計算，紅色為學界計算的5.65%；而藍色為漁業署認知的40.65%
保護區一旦劃定後，仍需訂定海域分級及不同目的使用之管理辦法，嚴格執行管理與取締工作才能奏效。全球的海洋保護區大致可歸成四大類：（1）禁止利用區（No-use zone）禁止所有人為活動；（2）禁漁區（No-take zone）只允許潛水及海上旅遊活動）；（3）緩衝區（Buffer zone）只允許適度的釣具漁業、小規模的養殖及生態旅遊；（4）永續利用區（Multi-use zone）允許多重目的使用，亦即開放所有的旅遊、漁業及養殖等活動。2012年6月8日「國際海洋日」，漁業署乃參考上述國際上分成四級的辦法推出我國MPA管理的三級分級制度及標識（logo）（圖2），亦即No-use, No-take及Multi-use等三級，而省略了Buffer Zone。但在此系統下除了東沙國家公園及富岡禁漁區等及少數幾個地點屬於二級外，其餘的MPA均變成第三級，如此的分級辦法，會使各級MPA所分配到的數目相當不均勻。2013年12月5日漁業署針對MPA之管理與執法召開跨部會檢討會議，決議每年度各單位執法取締的成果需詳列及追踪管理、上網公開；鼓勵成立民間巡守隊及统計巡護成果；以及當同一MPA有兩種法規競合時，保留主管機關可選擇何種裁罰較能有效執法之彈性等。亦即當產生法律競合的問題時，將依下列原則處理：如僅涉刑罰或行政法上義務部份，均依從重原則，比較重刑罰為核處依據。如應處罰鍰者亦依最高者裁處。如二法同時涉及刑罰及行政法義務時，依刑事法除罰之。至此，政府終於算是跨出了要加強MPA管理的重要一步。
圖6. 漁業署要求各機關根據不同的法令所劃設的MPAs應有統一的告示牌或看板。由左到右分三類：第1類「禁止進入或影響」；第2類「禁止採捕」；第3類「分區多功能使用」。
法令 |
權責單位 |
主要保育目的 |
社區參與 |
罰則 |
執法單位 |
國家公園法 |
內政部 |
物種保育及棲地保護 |
N |
Y |
Y （國家公園警察） |
漁業法 |
漁業署 |
漁業資源 |
N |
Y |
Y （海巡署） |
野生動物保育法 |
林務局 |
物種保育 |
Y |
Y |
Y （警察） |
發展觀光條例 |
觀光局 |
自然及地景 |
N |
Y |
N |
都市計畫法 |
內政部 |
棲地保護 |
N |
Y |
N |
保護沿海自然環境計劃 |
內政部 |
棲地保護 |
N |
N |
N |
文化資產保存法 |
文化部 |
物種保育 |
N |
N |
N |
二、臺灣MPA所面臨的問題與挑戰
（一）MPA不易劃設成功，更不易「禁漁」
若干漁民並不了解劃設保護區後，魚類有了安全的家才可以不被趕盡殺絕，繼續繁衍後代，由MPA溢出到附近的漁場，再被漁民所漁獲，就好比只靠銀行本金所孳生的利息就可以永續地利用。因此業者及民意代表常會向政府施壓或抗爭，反對MPA的劃設。特別是傳統漁場或範圍面積大的海域更難劃設成功。東沙及南方四島MPA之所以較易推動，也是因為地點偏遠，並非漁民傳統漁區之故。國外近年來一些劃設成功的一些超大保護區也多半是因為這個緣故。反之面積小的MPA則較易推動，但保護的效果也相對的減低許多，且這些MPA也都甚難完全禁漁，而乃允許某些漁具漁法或漁期可以繼續作業，即使連設有「核心區」的MPA亦然。不能禁漁的結果，或是政府為了照顧漁民的短期利得，而無視於漁業因資源枯竭而走向夕陽產業的頹勢，繼續採取「限漁而不禁漁」、「開放但嚴加管理」的妥協策略，到最後均可能因無法有效管理本國漁船或無法完全驅離大陸等外籍漁船之非法入侵，而導致失控，資源枯竭。近年來飛魚卵及珊瑚漁業的管理所面臨大陸漁船入侵盜採的問題即為其例。
（二） MPA未能落實有效管理的原因
過去MPA管理之成效不彰的原因很多，如無告示牌、邊界不明、缺乏調查監測不能嚴格取締、缺乏權益人及社區居民或漁民的參與與共管機制、民眾守法及保育觀念不足、缺乏劃設MPA之誘因、及執法之人力物力不足、執法之公權力不彰等等。如何能徹底檢討改進，是目前最需要去迫切解決的問題。
有效管理海洋保護區，海裏才會年年有魚可捕。陸域生態的復育可以透過「封山」來調養生息，溪流中淡水魚的復育已經由「封溪護魚」而獲得民眾的支持與肯定。同理，海域資源的復育更需要以劃設MPA的「封海」，或是「限漁」或「休漁」，亦即在漁期、漁法及漁區上給予調節管理，才能成功。保護區劃定後，仍需訂定海域分級及不同目的使用之管理辦法，嚴格執行管理與取締工作才能奏效。
（三）MPA需要海岸整合管理（ICZM）
海洋保育同時也需要做好陸地的保育及海岸整合管理（Integrated Coastal Zone Management； ICZM）才能成功。因為破壞漁業資源或海洋生物多樣性的原因很多，包括過漁、棲地破壞、汙染、入侵種及氣候變遷。管理有效的MPA才可以防止過漁及棲地破壞，但卻阻止不了汙染、入侵種（壓艙水、附著生物、淺海養殖之外來魚種）及海洋噪音（船舶、震測、爆破、聲納、施工、風機）等所可能帶來的傷害。因此陸地上汙染的防治、垃圾、沉積物、優養化等的防治就十分重要。海岸地帶及海岸濕地應儘量避免被填海造陸及被開發利用，要避免海岸線人工化、水泥化，則要先避免與海爭地等等。因此海岸空間規劃利用及將海岸及海洋納入國土規劃即十分重要。此外，已被立院延宕近廿年的「海岸法」亦應加速審議及通過。
（四）MPA要成功的五項要件
2014 Nature的一篇報告[B. S. Halpern（2014）Conservation: Making marine protected areas work; Nature 506, 167–168（13 February 2014）]，利用全球87處MPA的資料分析指出：海洋保護區成功的要件有5項：（1）是否有完全保護區；（2）是否有在管理；（3）劃設了多少年（>10年）；（4）面積大小（>100km2）；（5）MPA是否獨立或由網絡。因此全球劃設MPA的努力即使2020年達到10%的目標最後也可能會失敗。主要是因為（1）多數MPA缺乏落實管理而成為紙上公園；（2）多數MPA仍開放釣具漁業和娛樂漁業，並未能完全禁漁；（3）一半以上的MPA的面積只和足球場一樣大；（4）多半是最近才劃設的，可保護到的物種有限。如依這五項要件來檢視我國的MPA則發現情况並不樂觀。因為在我國近80處的MPA中，真正屬於「完全保護區」且有在管理的大概只有目前尚未開放觀光遊憩的東沙國家公園。墾丁國家公園的海域生態保護區、特別景觀區等因人力物力不足而難以落實取締及執法；彰化螻蛄蝦及小琉球之漁業資源保護區，及臺東富山漁業資源保育區等地之核心區雖有禁漁，但面積均小於100km。大部分的MPA均在近十年內所劃設的，也沒有連成網絡的思考或規劃。許多的保護區均仍允許漁撈活動。如沿岸三海浬禁拖但允許其他漁法；人工魚礁禁網具但准釣具；中華白海豚也動棲息地仍允許捕魚；連「觀新藻礁生態系的野動重要棲息地」內的「核心區」均開放漁業從來的現況使用，不但增加未來管理取締上之困難，且可能加速生態系之敗亡。
落實海洋保護區的有效管理工作已迫在眉睫，無法再等待，目前也是拯救海洋生物的黄金時刻或關鍵期，否則海洋生物將淪入萬刼不復之境。因為海洋生物多樣性仍正在快速消失中，當海裡所剩下的魚愈少，則要利用MPA來成功復育的速度就愈慢，機會就愈少，等到其族群量已低到「有效族群大小」（effective population size）以下，或是超過「臨界點」（critical point）時，再用任何保育或復育方法時，已屬枉然。
若干漁民並不了解劃設保護區後，魚類有了安全的家才可以不被趕盡殺絕，繼續繁衍後代，由MPA溢出到附近的漁場，再被漁民所漁獲，就好比只靠銀行本金所孳生的利息就可以永續地利用。因此業者及民意代表常會向政府施壓或抗爭，反對MPA的劃設。特別是傳統漁場或範圍面積大的海域更難劃設成功。東沙及南方四島MPA之所以較易推動，也是因為地點偏遠，並非漁民傳統漁區之故。國外近年來一些劃設成功的一些超大保護區也多半是因為這個緣故。反之面積小的MPA則較易推動，但保護的效果也相對的減低許多，且這些MPA也都甚難完全禁漁，而乃允許某些漁具漁法或漁期可以繼續作業，即使連設有「核心區」的MPA亦然。不能禁漁的結果，或是政府為了照顧漁民的短期利得，而無視於漁業因資源枯竭而走向夕陽產業的頹勢，繼續採取「限漁而不禁漁」、「開放但嚴加管理」的妥協策略，到最後均可能因無法有效管理本國漁船或無法完全驅離大陸等外籍漁船之非法入侵，而導致失控，資源枯竭。近年來飛魚卵及珊瑚漁業的管理所面臨大陸漁船入侵盜採的問題即為其例。
（二） MPA未能落實有效管理的原因
過去MPA管理之成效不彰的原因很多，如無告示牌、邊界不明、缺乏調查監測不能嚴格取締、缺乏權益人及社區居民或漁民的參與與共管機制、民眾守法及保育觀念不足、缺乏劃設MPA之誘因、及執法之人力物力不足、執法之公權力不彰等等。如何能徹底檢討改進，是目前最需要去迫切解決的問題。
有效管理海洋保護區，海裏才會年年有魚可捕。陸域生態的復育可以透過「封山」來調養生息，溪流中淡水魚的復育已經由「封溪護魚」而獲得民眾的支持與肯定。同理，海域資源的復育更需要以劃設MPA的「封海」，或是「限漁」或「休漁」，亦即在漁期、漁法及漁區上給予調節管理，才能成功。保護區劃定後，仍需訂定海域分級及不同目的使用之管理辦法，嚴格執行管理與取締工作才能奏效。
（三）MPA需要海岸整合管理（ICZM）
海洋保育同時也需要做好陸地的保育及海岸整合管理（Integrated Coastal Zone Management； ICZM）才能成功。因為破壞漁業資源或海洋生物多樣性的原因很多，包括過漁、棲地破壞、汙染、入侵種及氣候變遷。管理有效的MPA才可以防止過漁及棲地破壞，但卻阻止不了汙染、入侵種（壓艙水、附著生物、淺海養殖之外來魚種）及海洋噪音（船舶、震測、爆破、聲納、施工、風機）等所可能帶來的傷害。因此陸地上汙染的防治、垃圾、沉積物、優養化等的防治就十分重要。海岸地帶及海岸濕地應儘量避免被填海造陸及被開發利用，要避免海岸線人工化、水泥化，則要先避免與海爭地等等。因此海岸空間規劃利用及將海岸及海洋納入國土規劃即十分重要。此外，已被立院延宕近廿年的「海岸法」亦應加速審議及通過。
（四）MPA要成功的五項要件
2014 Nature的一篇報告[B. S. Halpern（2014）Conservation: Making marine protected areas work; Nature 506, 167–168（13 February 2014）]，利用全球87處MPA的資料分析指出：海洋保護區成功的要件有5項：（1）是否有完全保護區；（2）是否有在管理；（3）劃設了多少年（>10年）；（4）面積大小（>100km2）；（5）MPA是否獨立或由網絡。因此全球劃設MPA的努力即使2020年達到10%的目標最後也可能會失敗。主要是因為（1）多數MPA缺乏落實管理而成為紙上公園；（2）多數MPA仍開放釣具漁業和娛樂漁業，並未能完全禁漁；（3）一半以上的MPA的面積只和足球場一樣大；（4）多半是最近才劃設的，可保護到的物種有限。如依這五項要件來檢視我國的MPA則發現情况並不樂觀。因為在我國近80處的MPA中，真正屬於「完全保護區」且有在管理的大概只有目前尚未開放觀光遊憩的東沙國家公園。墾丁國家公園的海域生態保護區、特別景觀區等因人力物力不足而難以落實取締及執法；彰化螻蛄蝦及小琉球之漁業資源保護區，及臺東富山漁業資源保育區等地之核心區雖有禁漁，但面積均小於100km。大部分的MPA均在近十年內所劃設的，也沒有連成網絡的思考或規劃。許多的保護區均仍允許漁撈活動。如沿岸三海浬禁拖但允許其他漁法；人工魚礁禁網具但准釣具；中華白海豚也動棲息地仍允許捕魚；連「觀新藻礁生態系的野動重要棲息地」內的「核心區」均開放漁業從來的現況使用，不但增加未來管理取締上之困難，且可能加速生態系之敗亡。
落實海洋保護區的有效管理工作已迫在眉睫，無法再等待，目前也是拯救海洋生物的黄金時刻或關鍵期，否則海洋生物將淪入萬刼不復之境。因為海洋生物多樣性仍正在快速消失中，當海裡所剩下的魚愈少，則要利用MPA來成功復育的速度就愈慢，機會就愈少，等到其族群量已低到「有效族群大小」（effective population size）以下，或是超過「臨界點」（critical point）時，再用任何保育或復育方法時，已屬枉然。
三、 臺灣MPA未來要努力的方向
（一）要繼續劃設及增加MPA之地點、範圍、各類生態系並建成網絡
在各種不同的海洋生態系或棲地中，珊瑚礁生態系因是發展潛水生態旅遊最為適合的地區，故各國均會優先予以保護。但反觀臺灣，除了墾丁及東沙等少數離島有保護外，許多地區珊瑚礁尚未被納入，珊瑚礁魚類也尚未被禁捕及限制。臺灣除了臺江國家公園已對其轄區內的潟湖的生態系有所管制與保護外，其餘沙泥地、河口、藻礁、蟲礁、大洋、深海、冷泉、熱泉及深海珊瑚、海底山等多樣性高，或具特殊生物熱點區域則均尚未劃設，甚至於連初步的調查資料均尚付闕如。
將海洋保護區連成網絡（Network）才能確保MPA的成功。主要是因為大多物種之卵及幼生為漂浮性，且終其一生中會漂流、擴散及洄游、播遷，所歷經之距離及時間長短不同，也會經歷各種不同的海洋生態系或棲地。當一個MPA內之物種可能因某種自然或人為的災害而急速滅絕時，仍有可能由來自鄰近MPA之族群來獲得補充。目前已有包括美、加、貝里斯、巴哈馬在內的三十個國家已規劃有MPA網絡，或有35個美、澳、南非、墨西哥、菲律賓、英國在該國的州或省級建設有次國家級（subnational）之MPA網絡。臺灣目前雖有各種法令所劃設的七、八十個MPAs，但尚未聯成網絡，故未來還需要朝此方向來努力。
（二）要落實有效管理、執法與取締
雖然MPA之定義中明載除需有法源依據外，亦需能有效管理，但因有效管理難以認定而常被大家所忽視。表2中的「沿海自然保護計畫」亦無法源依據；另文資法無罰則，都市計畫法的風景區無執法機關等。即使有了法令，但如無健全可持續之財務機制或人力物力也無法成功。故未來實應寬列經費，充實管理MPA之人力物力，加强MPA之教育宣導，以及推動由社區管理，及由全民來檢舉違法的誘因及機制等。又，MPA管理成效的真正指標應是監測禁漁區內的海洋生物或魚類多樣性是否有回復到一定的水準。並不是只看取締了多少件違法盜捕（獵）的案件。因為若民眾均守法而不侵入MPA去捕撈，則也無從或無需取締。
（三）加強各MPA之調查監測，建立資料庫並公開資訊
至於何處需優先劃設及劃設範圍大小等等，則有待於進行海洋生物之普查，了解其種類組成、分布、數量之時空變化等基礎的調查研究工作，並結合地理資料系統（GIS）建立資料庫及各類海洋棲地的生態或地理分布圖，找出「熱點」（hotspot）。因此，目前政府在推動的國土規劃的工作，亦必須包括海域在內。同樣地，已劃設之MPA要完成各類MPA之叠圖工作，評估其管理成效，亦需有監測計畫，定期評估並作檢討修正，才能確保MPA之功效。先進國家均有各自的國家海洋保護區的系統及網站，蒐集整合十分詳盡的MPA資料，在網路上透明公開所有資訊，如美國MPA的國家報告美國國家海洋暨大氣總署（National Oceanic and Atmospheric Administration; NOAA）所編撰及建置，反觀臺灣目前是完全闕如。
（四）檢討修訂現有之MPA及相關組織及法規
以26處漁業資源保育區為例，2009-2011年間漁業署曾委託學術單位執行此一工作，包括重新修訂多處保育區所保育的範圍、物種及限捕規定，並陸續公告實施。至於其他法令所劃設的MPA則多半因未落實管理及各自為政以致成效不彰。此外，應儘速通過「海岸法」，完成國家MPA策略或行動計畫，訂定完成期限，研訂績效指標予以管考，並配合政府組織再造，確立各MPA管理及取締的權責單位。如能將「海洋委員會」下的「海洋資源處」提升為三級機構「海洋保育署」則更理想。
（五）推動由社區管理及全民來檢舉違法的誘因及機制
由在地的社區自行經營管理其附近的MPA乃最為有效的辦法，特別是在開發中國家其MPA面積一般均小，更適宜以此種方式來管理。臺灣由各種法令所劃設的MPAs中，除野動法所劃的少數野動重要棲息地外，其餘的MPAs均尚未建立社區自我管理的機制。各縣市漁會雖然紛紛爭取「專用漁業權區」之劃設，但均不願朝劃設MPAs之方向來努力。也因此在行政院新版的《生物多樣性推動方案》中，已納入由社區或漁會增設MPA及自行管理取締之鼓勵措施。
（六）作好海域空間規劃及管理
海域空間規劃（Marine Spatial Planning）是進行含領海在內的國土規劃中常被忽略的一大部分，特別在沿近海地區，以至於每件在海岸或離島之經濟開發案均會產生經濟與環保之衝突或爭議。海洋空間規劃因需針對海域不同使用目的，如保育、漁產、運輸、能源開發、遊憩等，故能考慮到當海域在多重使用時，所可能產生對生態系的累積性的衝擊。譬如在西海岸規劃設置離岸風機發電時，可在機組位置劃設原本屬於沙泥棲地的MPAs，予以禁漁，則不但可開創我國在西海岸軟泥底質生態系以及在「專用漁業權」的海域範圍內劃設MPA之先例，且能增加我國MPA面積比，復育魚源，符合政府政策及國際的趨勢，達成多贏的局面。
（七）在經濟重疊或有主權爭議的海域應考慮劃設跨國保護區或國際海洋和平公園（Marine Peace Park, MPP）
Zbicz（2001）整理了全球跨國保護區數目，共有169個跨國界的保護區，其中有31個跨界保護區是由三國以上所共管。IUCN的MPA Newsletter亦建議東沙、南沙群島應劃設為MPP，除可復育魚源，也可避免海上喋血及漁船被扣事件。又除了中菲重疊的經濟海域及南沙太平島外，釣魚島也是另一處劃為MPP的可能地區。諾貝爾文學獎得主大陸的莫言在2012年10月一次「擱置釣島爭端，誰都別去」的演講中提到：「擱置爭端有時候也未必不好，海洋的爭端暫時擱置一下也是魚類的福音，人類捕魚捕的瘋狂了，有一個爭端的地方誰都不許去，『讓魚過去，魚類感謝你。』」
（八）加强海洋保育的宣導教育
MPA不易劃設及管理的原因甚多，如何加强海洋保育的教育宣導最為基礎重要！要讓大家都認識海洋生物除了食用之外，還能在科學研究、生態旅遊、仿生學、生技產業、生質能源等各方面創造更大的商機與財富，又同時能擁有健康和永續的海洋，何樂不為。《魚線的盡頭》（The End of the Line）紀錄片（http://endoftheline.com/），片尾的海洋保育三部曲為：（1）告訴政治人物尊重科學、縮減漁船數量（限漁）；（2）請加入行動支持MPA和負責的捕魚行為（保護區）；（3）購買前請先問清楚來源、只吃符合永續標準的海產（海鮮指引）。
（九） 應多派人出席MPA的國際會議並與國際接軌
MPA之劃設及管理，不只是學術研究，還涉及政治、經濟、文化、法律，及航運、漁業、觀光、遊憩等各種海洋產業，以及生態保育、宣導教育、經營管理與資源永續等各層面，故需要產官學及民間組織、社會大眾以及國際間之相互交流及合作，並能進一步作區域性之跨國合作才能成功。因此在2005年在澳洲的Geelong召開了「第一屆國際海洋保護區大會（International Marine Protected Area Congress，簡稱IMPAC1）」。IMPAC2是2009年在美國華盛頓舉行。2013年的IMPAC3則是在地中海的法國的馬賽及科西嘉（Corsica）召開。馬賽的會後，19個國家的部長及國際民間組織的代表又移師到法屬科西嘉之首府阿雅客肖（Ajaccio）舉辦一場海洋保育的圓桌會議並作成『阿雅客肖宣言（Ajaccio Declaration）』。作為2014年9月24日-10月1日第68屆聯合國大會，10月6-17日在韓國的CBD-COP12，及11月12-19日在澳洲雪梨舉行的第六屆世界公園大會的文件與倡議。他山之石可以攻錯，要了解全球MPA的新觀念、新趨勢、新工具，及學習國外如何有效推動MPA之劃設及管理，建議政府未來應多派產官學代表出席IMPAC之國際會議，否則將難以跟上國際潮流及與國際接軌。下屆的IMPAC4（2017）將在智利舉辦，屆時希望臺灣主辦MPA業務之官員、學者或海洋保育人士能夠踴躍出席。
在各種不同的海洋生態系或棲地中，珊瑚礁生態系因是發展潛水生態旅遊最為適合的地區，故各國均會優先予以保護。但反觀臺灣，除了墾丁及東沙等少數離島有保護外，許多地區珊瑚礁尚未被納入，珊瑚礁魚類也尚未被禁捕及限制。臺灣除了臺江國家公園已對其轄區內的潟湖的生態系有所管制與保護外，其餘沙泥地、河口、藻礁、蟲礁、大洋、深海、冷泉、熱泉及深海珊瑚、海底山等多樣性高，或具特殊生物熱點區域則均尚未劃設，甚至於連初步的調查資料均尚付闕如。
將海洋保護區連成網絡（Network）才能確保MPA的成功。主要是因為大多物種之卵及幼生為漂浮性，且終其一生中會漂流、擴散及洄游、播遷，所歷經之距離及時間長短不同，也會經歷各種不同的海洋生態系或棲地。當一個MPA內之物種可能因某種自然或人為的災害而急速滅絕時，仍有可能由來自鄰近MPA之族群來獲得補充。目前已有包括美、加、貝里斯、巴哈馬在內的三十個國家已規劃有MPA網絡，或有35個美、澳、南非、墨西哥、菲律賓、英國在該國的州或省級建設有次國家級（subnational）之MPA網絡。臺灣目前雖有各種法令所劃設的七、八十個MPAs，但尚未聯成網絡，故未來還需要朝此方向來努力。
（二）要落實有效管理、執法與取締
雖然MPA之定義中明載除需有法源依據外，亦需能有效管理，但因有效管理難以認定而常被大家所忽視。表2中的「沿海自然保護計畫」亦無法源依據；另文資法無罰則，都市計畫法的風景區無執法機關等。即使有了法令，但如無健全可持續之財務機制或人力物力也無法成功。故未來實應寬列經費，充實管理MPA之人力物力，加强MPA之教育宣導，以及推動由社區管理，及由全民來檢舉違法的誘因及機制等。又，MPA管理成效的真正指標應是監測禁漁區內的海洋生物或魚類多樣性是否有回復到一定的水準。並不是只看取締了多少件違法盜捕（獵）的案件。因為若民眾均守法而不侵入MPA去捕撈，則也無從或無需取締。
（三）加強各MPA之調查監測，建立資料庫並公開資訊
至於何處需優先劃設及劃設範圍大小等等，則有待於進行海洋生物之普查，了解其種類組成、分布、數量之時空變化等基礎的調查研究工作，並結合地理資料系統（GIS）建立資料庫及各類海洋棲地的生態或地理分布圖，找出「熱點」（hotspot）。因此，目前政府在推動的國土規劃的工作，亦必須包括海域在內。同樣地，已劃設之MPA要完成各類MPA之叠圖工作，評估其管理成效，亦需有監測計畫，定期評估並作檢討修正，才能確保MPA之功效。先進國家均有各自的國家海洋保護區的系統及網站，蒐集整合十分詳盡的MPA資料，在網路上透明公開所有資訊，如美國MPA的國家報告美國國家海洋暨大氣總署（National Oceanic and Atmospheric Administration; NOAA）所編撰及建置，反觀臺灣目前是完全闕如。
（四）檢討修訂現有之MPA及相關組織及法規
以26處漁業資源保育區為例，2009-2011年間漁業署曾委託學術單位執行此一工作，包括重新修訂多處保育區所保育的範圍、物種及限捕規定，並陸續公告實施。至於其他法令所劃設的MPA則多半因未落實管理及各自為政以致成效不彰。此外，應儘速通過「海岸法」，完成國家MPA策略或行動計畫，訂定完成期限，研訂績效指標予以管考，並配合政府組織再造，確立各MPA管理及取締的權責單位。如能將「海洋委員會」下的「海洋資源處」提升為三級機構「海洋保育署」則更理想。
（五）推動由社區管理及全民來檢舉違法的誘因及機制
由在地的社區自行經營管理其附近的MPA乃最為有效的辦法，特別是在開發中國家其MPA面積一般均小，更適宜以此種方式來管理。臺灣由各種法令所劃設的MPAs中，除野動法所劃的少數野動重要棲息地外，其餘的MPAs均尚未建立社區自我管理的機制。各縣市漁會雖然紛紛爭取「專用漁業權區」之劃設，但均不願朝劃設MPAs之方向來努力。也因此在行政院新版的《生物多樣性推動方案》中，已納入由社區或漁會增設MPA及自行管理取締之鼓勵措施。
（六）作好海域空間規劃及管理
海域空間規劃（Marine Spatial Planning）是進行含領海在內的國土規劃中常被忽略的一大部分，特別在沿近海地區，以至於每件在海岸或離島之經濟開發案均會產生經濟與環保之衝突或爭議。海洋空間規劃因需針對海域不同使用目的，如保育、漁產、運輸、能源開發、遊憩等，故能考慮到當海域在多重使用時，所可能產生對生態系的累積性的衝擊。譬如在西海岸規劃設置離岸風機發電時，可在機組位置劃設原本屬於沙泥棲地的MPAs，予以禁漁，則不但可開創我國在西海岸軟泥底質生態系以及在「專用漁業權」的海域範圍內劃設MPA之先例，且能增加我國MPA面積比，復育魚源，符合政府政策及國際的趨勢，達成多贏的局面。
（七）在經濟重疊或有主權爭議的海域應考慮劃設跨國保護區或國際海洋和平公園（Marine Peace Park, MPP）
Zbicz（2001）整理了全球跨國保護區數目，共有169個跨國界的保護區，其中有31個跨界保護區是由三國以上所共管。IUCN的MPA Newsletter亦建議東沙、南沙群島應劃設為MPP，除可復育魚源，也可避免海上喋血及漁船被扣事件。又除了中菲重疊的經濟海域及南沙太平島外，釣魚島也是另一處劃為MPP的可能地區。諾貝爾文學獎得主大陸的莫言在2012年10月一次「擱置釣島爭端，誰都別去」的演講中提到：「擱置爭端有時候也未必不好，海洋的爭端暫時擱置一下也是魚類的福音，人類捕魚捕的瘋狂了，有一個爭端的地方誰都不許去，『讓魚過去，魚類感謝你。』」
（八）加强海洋保育的宣導教育
MPA不易劃設及管理的原因甚多，如何加强海洋保育的教育宣導最為基礎重要！要讓大家都認識海洋生物除了食用之外，還能在科學研究、生態旅遊、仿生學、生技產業、生質能源等各方面創造更大的商機與財富，又同時能擁有健康和永續的海洋，何樂不為。《魚線的盡頭》（The End of the Line）紀錄片（http://endoftheline.com/），片尾的海洋保育三部曲為：（1）告訴政治人物尊重科學、縮減漁船數量（限漁）；（2）請加入行動支持MPA和負責的捕魚行為（保護區）；（3）購買前請先問清楚來源、只吃符合永續標準的海產（海鮮指引）。
（九） 應多派人出席MPA的國際會議並與國際接軌
MPA之劃設及管理，不只是學術研究，還涉及政治、經濟、文化、法律，及航運、漁業、觀光、遊憩等各種海洋產業，以及生態保育、宣導教育、經營管理與資源永續等各層面，故需要產官學及民間組織、社會大眾以及國際間之相互交流及合作，並能進一步作區域性之跨國合作才能成功。因此在2005年在澳洲的Geelong召開了「第一屆國際海洋保護區大會（International Marine Protected Area Congress，簡稱IMPAC1）」。IMPAC2是2009年在美國華盛頓舉行。2013年的IMPAC3則是在地中海的法國的馬賽及科西嘉（Corsica）召開。馬賽的會後，19個國家的部長及國際民間組織的代表又移師到法屬科西嘉之首府阿雅客肖（Ajaccio）舉辦一場海洋保育的圓桌會議並作成『阿雅客肖宣言（Ajaccio Declaration）』。作為2014年9月24日-10月1日第68屆聯合國大會，10月6-17日在韓國的CBD-COP12，及11月12-19日在澳洲雪梨舉行的第六屆世界公園大會的文件與倡議。他山之石可以攻錯，要了解全球MPA的新觀念、新趨勢、新工具，及學習國外如何有效推動MPA之劃設及管理，建議政府未來應多派產官學代表出席IMPAC之國際會議，否則將難以跟上國際潮流及與國際接軌。下屆的IMPAC4（2017）將在智利舉辦，屆時希望臺灣主辦MPA業務之官員、學者或海洋保育人士能夠踴躍出席。