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計畫以四年時間每年一區，完成 (1) 北部及東北部，(2) 南部及西南部，(3) 西北部及 (4) 澎湖 (台灣海峽)之底棲漁業資源之調查，計畫
(1)完成全省沿岸底棲漁業資源之詳細種類組成之分類鑑定。(2)上述時空分布資料之建檔，透過地理資訊系統(GIS)予以整合。(3)若干重要標本之鑑定與酒精保存，可供未來以分子生物方法作系群判別研究之用。(4)引進群聚分析及生態系模式建構之新技術，探討台灣沿岸底棲魚類資源之分與洄游動態，與鄰近國家底棲資源之互動及相互依存關係。(5)研究成果可作為國內未來底棲漁業經營管理參考。(6)與ICLARM合作推動”亞洲地區沿岸魚類系群之永續經營”計畫。本計劃由中研院動物所邵廣昭研究員主持，另邀請海大海生所陳天任教授(負責蝦蟹)，中興動物系盧重成教授 (負責軟體動物之頭足類)，及中研院動物所鄭明修副研究員(負責其他無脊椎動物)，共同主持。採樣方法原則上係依各區域之底質，地形，水深及漁船作業能力規劃不同地點不同深度的測站，進行一年四次 (每季) 之底拖採樣，以便進行不同地點，不同深度，不同季節，底拖魚種組成之比較。