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從1993年至1998年6月，共分3年調查曾文溪流域的魚類相，迄今累計共記錄到46科120種，較過去文獻中所記錄之 5科27種增加甚多，主要是因為過去在曾文溪的下游及河口並無任何調查之魚種資料。其中包括3種新種，6 種台灣新記錄種，7種台灣特有種，及14種外來種。

本研究計畫共分三年進行，第一年度先進行曾文溪流域全域（共19點）魚類相作定性為主之初步調查，以建立上、中、下游（含河口）及出海口附近之魚類組成之資料。第二年度起則根據第一年度調查結果選擇8個固定測站（達邦、里佳、山美、達谷、玉井、西港、國聖、河口等）進行長期魚類監測、收集定量資料；但由於上游之四測站重覆性太高，第三年度起乃刪減達邦及山美二測站，並在玉井處另增加一玉井中正橋測站，以及下游自1995年11月起改用底拖網進行定量資料收集