內容摘要：
生物多樣性有三層次：基因的多樣性、物種的多樣性、生態系的多樣性，三個層次是息息相關，唇齒相依的。要保護物種，就必須先從保護棲地開始，也是最治本的方法。在海洋棲地保育上，最常見的就是劃設海洋保護區，但最重要的還是管理與取締，才能提高保護的效果。
目前我國海洋保護區，主要依漁業法、國家公園法、野生動物保育法、文化資產保存法及發展觀光條例等法規劃設，約佔領海面積的46％。各區域的法規不同，有的開放多功能使用，有些則是嚴格禁止進入。
劃設海洋保護區前，必須有良好的事前規劃，並且持續觀察評估。漁業署利用漁業法，限制或設定禁止捕撈。像是中華白海豚，是林務局用野生動物保育法劃為野生動物重要棲息地，但在三四年前就已預告了其重要棲息地，但漁民反彈，深怕影響漁業進行，因此一直無法正式公告。
漁業署漁業資源保護區，是重要水產的繁殖區，但他保護的物種是特定的，常見的有九孔、石花菜等，規定捕撈的數量或是禁止捕撈，嚴格來說算是限漁的措施，雖然算在保護區的範圍內，但一個好的海洋保護區應該是各種生物都能得到妥善的保護。
還有一種保育的方法，也是目前政府採取最多的方案，也就是魚苗的放流，但很難去證實這樣的措施是有成效的，在放流的魚苗中，雖然理論上已經養殖超過最容易死亡的階段，但回到海中還是無法得知究竟有多少存活或是物種數量有沒有增加。
還有一種保育的方法，也是目前政府採取最多的方案，也就是魚苗的放流，但很難去證實這樣的措施是有成效的，在放流的魚苗中，雖然理論上已經養殖超過最容易死亡的階段，但回到海中還是無法得知究竟有多少存活或是物種數量有沒有增加。
另一種保育方法是建立種源庫，把幾種重要的品系魚種培育起來，若是有需要都能提供。但這是一樣耗時耗力也需要大筆資金支援的方法，同時，太過於近親的繁殖，會造成基因窄化，讓物種對環境的抵抗力降低，對族群造成危害。
有一個著名案例，文昌魚的數量逐漸減少，經過調查發現是，因為打撈時一併地把文昌魚棲息的砂石給撈上岸，久而久之，原先的棲地只剩下泥沙和粉泥，文昌魚根本無法鑽進去。也因此再多的幼苗放流，都無法有效的復育。由文昌魚的案例可以知道，棲地的改變造成物種的數量減少或是滅絕，也是棲地保護優於物種保護的證明。
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